Ketika banyak peziarah yang mengunjungi makam Raden Sayyid Kuning dan makam Adipati Onje, mereka tidak melewatkan kesempatan untuk melihat tongkat dan mimbar peninggalan Raden Sayyid Kuning, bahkan banyak dari mereka yang ketika memegang tongkat tersebut menangis karena trenyuh dan terharu akan sejarah yang ada. Dimana dahulu syi'ar pertama kali di  Kabupaten Purbalingga dalam penyebaran Islam berasal dari Masjid Raden Sayyid Kuning, sehingga masyarakat Desa Onje dapat mengaji dan sholat karena adanya syiar tersebut. Bahkan menurut Habib Luthfi Bin Yahya, paku atau titik dari Kabupaten Purbalingga adalah Raden Sayyid Kuning.
3. Empat Saka/Tiang Penyangga
Menurut cerita, masjid ini direnovasi sebelum keempat wali berangkat ke Demak untuk membangun Masjid Agung Demak. Empat wali tersebut, merombak bangunan secara total. Tiang penyangga atau saka yang semula dibuat dari pohon pakis diganti menjadi kayu jati yang hingga sekarang masih asli. Uniknya, empat tiang yang berada di Masjid Raden Sayyid Kuning ini mirip dengan tiang yang berada di Masjid Agung Demak, hanya ukurannya lebih kecil.
4. Dinding dan Atap Duk
D. Kegiatan di Masjid Raden Sayyid Kuning
Berikut jenis kegiatan -- kegiatan yang dilakukan di Masjid Raden Sayyid Kuning :
1. MengajiÂ
Selain digunakan untuk sholat saja, masjid Raden Sayyid Kuning juga sering digunakan untuk mengaji. Mengaji dalam agama Islam merupakan aktivitas yang termasuk ibadah dan orang melakukannya akan mendapat ganjaran dari Allah Swt.Â
Dalam sehari -- hari masjid Raden Sayyid Kuning ini digunakan untuk mengaji oleh anak -- anak sekitar masjid tersebut. Ngajinya tidak hanya Al-qur'an saja tetapi untuk anak -- anak yang belum lancar membaca Al-qur'an di rekomendasikan untuk mengaji Iqro' atau Juz Amma terlebih dahulu. Pelaksanaannya setelah Sholat Ashar mulai pukul 15.00 sampai dengan menjelang maghrib.