4. Muncul dikotomi dalam proses pencapaian tujuan pendidikan
5. Lulusan terdidik yang ada dalam bentuk dualisme
Bahaya ini selalu mengancam integrasi agama dan sains sebagai upaya pendidikan untuk membebaskan kekuatan pendidikan dari dominasi Barat yang mengancam kelangsungan hidup umat manusia. Konsekuensi yang harus disadari adalah dengan
penerapan pendidikan dikotomis, bukan hanya lembaga dan lembaga Islam saja yang mengalami kerusakan atau kerugian. melainkan juga merugikan peradaban Islam dan suasana kehidupan umat. Semua komponen ini tertimpa penderitaan yang berkepanjangan.
Pengembangan pendidikan agama Islam memerlukan upaya untuk merekonstruksi pemikiran pendidikan untuk mengantisipasi setiap perubahan yang mungkin terjadi: pertama, tema pendidikan Islam harus berorientasi ke masa depan; kedua, sikap terbuka terhadap transfer ilmu harus dibentuk, dan setiap harus ada perubahan sikap kritis; ketiga, menjauhi pandangan dikotomi ilmu (ilmu agama dan ilmu umum), dan tidak termasuk dalam kategori kontradiksi. Kategori atau dikotomi ini harus ditangani secara terbuka dan dipertimbangkan secara dialektis. Karena "agama" dan "sains" adalah satu kesatuan yang tidak dapat dipisahkan. Setiap wacana tentang metodologi membutuhkan sedikit filosofi. Tanpa rasa filosofi, metodologi akan kehilangan esensinya.
