Penelitian ahli purbakala, Dr. R. Goris, yang diterbitkan pada 1926 menyebutkan, di masa Raja Dharma Udayana (989-1011 M) terdapat sembilan sekte agama dengan penganut yang hidup berbaur dan berdampingan, yakni: Siva Siddhanta, Pasupata, Bhairava, Vaisnava, Bodha (Soghata), Brahmana, Rsi, Sora (Surya) dan Ganapatya.
Kesembilan sekte itu kemudian disatukan oleh Senapati Mpu Rajakerta/Mpu Kuturan, dalam bentuk pemujaan kepada Tri Murti yang melandasi pembangunan Desa Pakraman/Desa Adat di Bali hingga kini. Penyatuan sekte-sekte itu dipercaya terjadi di Pura Samuan Tiga, Pejeng.
Udayana menikahi putri Mpu Sendok, Raja Mataram (Hindu) yakni Mahendradatta dan memiliki putra Airlangga sebagai pendiri Kerajaan Kahuripan tahun 1009 M. Kemudian adik Airlangga, Anak Wungsu (1049-1077 M) mewarisi kerajaan Bali dengan membangun Pura Gunung Kawi, Tampaksiring.Â
Pasca Anak Wungsu dilanjutkan:
ri Maharaja Walaprabhu (1079--1088 M)
ri Maharaja Sakalendukirana Laksmidhara Wijayottunggadewi (1088-1101 M)
ri Maharaja Sri Suradhipa (1115-1119 M)
ri Jayaakti (1133-1150 M)
Pada kurun waktu tahun 1103-1126 M, raja-raja Bali tidak memberi perhatian pada agama dan upacaranya. Tidak ada sumber sastra yang menyebutkan alasan tidak dilaksanakannya upacara-upacara agama Hindu tersebut. Kemudian terjadi fenomena tanam-tanaman mati, wabah penyakit menular, banyak korban jiwa, miskin dan melarat seluruh Pulau Bali (perlu rujukan lontar Usada terkait wabah).
Menurut Babad Usana Bali, Sri Jaya Kasunu menggantikan raja Sri Jayasakti. Beliau beryoga samadi di Parhyangan Batari Hyang Durga di Pura Dalem Kadewatan.
Batari Durga lalu memberi petunjuk bahwa kenapa raja-raja Bali tidak berumur panjang adalah karena setiap wuku Dungulan tidak membuat upacara byakala, menyimpang dari tata terdahulu. Bila Sri Jaya Kasunu ingin menjadi raja maka ia wajib memelihara seluruh peraturan (sasana), wajib memelihara kahyangan dan kabuyutan serta tempat-tempat pemujaan.
Dengan demikian pelaksanaan Hari Raya Galungan kembali dirayakan.
Sri Jaya Kasunu digantikan oleh putranya yang bergelar Sri Jaya Pangus (1178-1181 M). Pada masa pemerintahan Sri Jaya Pangus dilaksanakan upacara Tawur Eka Dasa Rudra (upacara penyucian alam semesta untuk 100 tahun sekali) di Pura Besakih.
Dengaan takluknya Bali pada Majapahit maka Gajah Mada menunjuk ksatria Majaphit, Sri Aji Kresna Kepakisan sebagai raja yang memerintah Pulau Bali di bawah kekuasaan kerajaan Majapahit tahun 1265 Saka (1243 M). Dengan demikian mengakhiri kekuasaan raja Bali, Asta Asura Ratna Bumi Banten. Selanjutnya Bali dibawah pengaruh Majapahit.
Penemuan fragmen-fragmen pada prasasti di Pejeng, Gianyar mengungkap sejarah dan perkembangan aliran agama di Bali sejak sebelum abad ke-8 M.
