Dortmund akhirnya juara Bundesliga untuk kali pertama di musim 1994/95. Mereka bahkan juara beruntun di musim 1995/96. Enam musim bersama Hitzfeld, Dortmund tak pernah keluar dari peringkat empat besar Bundesliga. Baru di musim 1996/97, Bayern kembali bangkit dan jadi juara lewat pelatih asal Italia, Giovanni Trapattoni.
Laga Der Klassiker di musim ini diwarnai insiden terkenal "cry baby" ketika Dortmund menjamu Bayern di Westfalenstadion yang berakhir 1-1. Kapten Bayern, Lothar Matthus membuat gerakan menggosok matanya seolah menangis di hadapan gelandang Dortmund Andreas Moller. Dia meledek Moller karena menilainya gampang terjatuh hanya karena soft challenge.
"Saya ingin menyuruhnya bermain, untuk menunjukkan bahwa Anda seorang pria," ujar Matthus kepada Neue Osnabrcker Zeitun.
Namun, di musim itu, Dortmund lah yang tertawa paling akhir. Sebab, meski finish di peringkat 3 di Bundesliga, tetapi mereka tampil sebagai juara Liga Champions Eropa untuk kali pertama. Nah yang menarik, laga final Liga Champions 1997 itu digelar di Olympiastadion Munich--markas Bayern. Dortmund mengalahkan Juventus 3-1 di final.
Tetapi, setelah itu, Hitzfeld mengundurkan diri lalu menyeberang ke Bayern dan membawa mereka hat-trick juara di tahun 1999, 2000 dan 2001.
Di musim 2000/01 ini, Dortmund menggeliat kala dilatih mantan pemain mereka yang juga peraih Ballon d'Or 1996, Matthias Sammer. Di tahun pertamanya sebagai pelatih, Sammer membawa Dortmund ke posisi ketiga. Lantas, juara di musim 2001/02. Mengungguli Bayer Leverkusen di laga terakhir (unggul satu poin) dan unggul dua poin dari Bayern.
Di masa kepelatihan Sammer di musim pertamanya, laga Der Klassiker dikenal sebagai pertandingan paling kotor dalam sejarah Bundesliga. Sebanyak 14 kartu disajikan dalam hasil imbang 1-1 di Westfalenstadion. Dua pemain Bayern, Bixente Lizarazu dikeluarkan sebelum jeda karena dua kartu kuning. Lalu Stefan Effenberg mendapat kartu merah langsung.
Namun, siapa sangka, setelah sukses itu, Dortmund bak tiba-tiba seperti panci yang mendidih diangkat dari kompor dan diletakkan di atas es. Dortmund di ambang kehancuran karena manajemen keuangan yang buruk. Mereka berhutang dan harus menjual stadion. Bahkan, untuk menutupi upah pemain selama beberapa bulan, mereka menerima pinjaman 2 juta dari Bayern.
Ya, terlepas dari rivalitas panas diantara kedua tim, Bayern tercatat dalam sejarah pernah membantu Dortmund ketika diambang kebangkrutan. Sejak itu, Dortmund melewatkan sewindu (delapan tahun) tanpa gelar. Sammer mundur di akhir musim 2003/04 meski kontraknya sampai 2010.
Di bawah penerus Bert van Marwijk dan Thomas Doll, Dortmund paling bagus finish ketujuh dan bahkan pernah di posisi 13. Bayern malah juara empat kali. Bersama Hitzfeld dan Felix Magath.
Dortmund sempat berjaya di era Jurgen Klopp, Kini Bayern mendominasiÂ