Putusan Peninjauan Kembali (PK) Nomor 12 PK/Pid.Sus/2009 tanggal 11 Juni 2009 yang tidak ada perintah penahahan terhadap Djoko Tjandra, maka sesuai uraian di atas Putusan tersebut menjadi batal demi hukum. Karena Putusan tersebut batal demi hukum, maka yang berlaku dan mempunyai kekuatan hukum eksekutorial adalah putusan yang ada sebelumnya yaitu Putusan Kasasi Mahkamah Agung Nomor 1688 K/PID/2000 tanggal 28 Juni 2001 menyatakan "Menolak Permohonan Kasasi Dari Pemohon Kasasi: JPU Pada Kejaksaan Negarai Jakarta Selatan".
Bahwa karena Putusan Kasasi Nomor 1688 K/PID/2000 tanggal 28 Juni 2001 menolak Kasasi dari JPU, maka berdasarkan Putusan Nomor 156/PID./2000/PN.Jak.Sel tanggal 28 Agustus tahun 2000 yang menyatakan "Djoko Tjandra Dilepas Dari Segala Tuntutan Hukum". Maka kesimpulannya demi hukum terhadap Djoko Tjandra tidak dapat dikenakan penahanan, melainkan dilepaskan dari segala tuntutan atau dengan kata lain dia wajib dibebaskan.
Namun ada yang berpendapat bahwa terhadap Putusan Pemidanaan yang tidak memuat materi perintah penahanan tidak batal demi hukum, berdasarkan Putusan Mahkamah Konstitusi  Nomor 69/PUU-X/2012 tanggal 22 November 2012. Pertanyaan kemudian, apakah Putusan Pemidanaan terhadap Djoko Tjandra yang tidak memuat perintah penahanan menjadi tidak batal demi hukum?
Terhadap pertanyaan tersebut, kita harus melihat tanggal Putusan Peninjauan Kembali terhadap Djoko Tjandra dan tanggal Putusan Mahkamah Konstitusi. Putusan PK Djoko Tjandra berkekuatan hukum tanggal 11 Juni 2009, sementara Putusan MK berkekuatan hukum tanggal 22 November 2012. Karena Putusan PK dibacakan tahun 2009 maka Pasal 197 ayat 1 huruf k KUHAP tentang syarat pemuatan perintah penahanan masih berlaku dan mengikat pada saat dibacakan putusan PK tersebut.
Bahwa karena sifat Putusan Mahkamah Konstitusi tidak berlaku surut, melainkan berlaku secara futuristik atau kedepan atau memperoleh kekuatan hukum tetap sejak diucapkan dalam sidang pleno terbuka untuk umum (Pasal 47 UU MK), sehingga syarat pemuatan penahanan pada Pasal 197 ayat 1 huruf k KUHAP baru tidak berlaku atau tidak mengikat sejak tanggal 22 November 2012.Â
Karena Putusan MK baru berlaku pada tahun 2012 sementara Putusan PK Djoko Tjandra pada tahun 2009, maka Putusan MK tidak dapat diterapkan terhadap putusan PK Djoko Tjandra, sehingga Putusan PK tersebut tetap batal demi hukum dan tidak dapat dieksekusi oleh eksekutor dalam hal ini Jaksa.
Sebagai penutup adanya pertentangan antara Putusan Kekuasaan Kehakiman terhadap Hak Asasi Djoko Tjandra untuk mendapatkan kepastian hukum, maka Kedudukan hakim dalam sistem kekuasaan kehakiman yang merdeka dan bebas dari pengaruh siapapun tidak lebih tinggi dari hak asasi setiap orang yang dijamin di dalam UUD 1945. Penafsiran atas setiap norma dalam Undang-Undang harus tidak boleh bertentangan dengan jaminan perlindungan hukum dan kepastian hukum sebagaimana dimaksud dalam UUD 1945.
     Â
