Salah satu kerugian yang dapat kita dapatkan dari kultur jaringan adalah jika kita salah memilih tanaman induk. Kesalahan pemilihan tanaman induk akan berakibat pada tanaman / planlet yang dihasilkan maenjadi tanaman yang jelek. Hal ini dapat terjadi dikarenakan penurunan sifat dalam proses kultur jaringan yang membuat semua sifat (termasuk yang jelek) akan diturunkan kepada planlet yang lain.
Kultur jaringan bisa dilakukan hanya kalau lingkungan sekitar juga mendukung. Salah satu aspek lingkungan sekitar adalah iklim. Tenpat atau wilayah dibagi menjadi dua yaitu tempat atau wilayah yang beriklim tropis dan tempat atau wilayah dengan iklim sub tropik. Kedua iklim ini sangatlah berbeda. Iklim tropik memiliki dua musim sedangkan iklim sub tropik memiliki empat musim. Dua musim di tenpat beriklim tropis adalah musim kemarau dan musim penghujan. Empat musim di tempat beriklim sub tropis yaitu musim dingin musim kemarau musim panas dan musim gugur.
Hal ini menyebabkan tanaman yang sebelumnya berada di iklim tertentu  lalu akan di pindah ke iklim yangvberbeda, tanaman membutuhkan waktu untuk beradaptasi. Tanaman juga tidak bisa beradaptasi sendiri jadi dibutuhkan waktu untuk beradaptasi dengan iklim yang berbeda. Adaptasi ini deberlakukan secara perlahan dari iklim sebelimnya ke iklim yang akan dituju. Adaptasi ini dilakukan dengan cara pengisolasian tanaman dari iklim sebelumnya perlahan lahan, sedikit demi sedikit diperkenalkan dengan iklim baru yang berbeda dengan iklim sebelumnya.
Banyak orang sering terbolak balik antara kultur jaringan dan rekayasa genetik. Banyak orang berpikir bahwa rekayasa genetik itu sama dengan kultur jaringan. Padahal rejayasa genetik dan kultur jaringan sangatlah berbeda. Rekayasa genetik adalah usaha untuk mengganti susunan gen tanaman supaya tanaman dapat menjadi tanaman dengan kualitas lebih baik sedangkan kultur jaringan adalah cara untuk memperbanyak tanaman tanaman yang telah dirkayasa genetik tersebut. Jadi rekayasa genetik adalah seperti designer dan kultur jaringan itu adalah seperti pabrik yang memperbanyak hasil rekayasa genetik tadi.
Dalam rekayasa genetik juga dapat kesempatan arau peluang kecil untuk menghasilkan sifat tanaman yang berbeda dari sifat tanaman induk. Di kultur jaringan, tanaman hanyalah diperbanyak jumlahnya tanpa merubah sifat apapun dari tanaman induknya.
Dalam melakukan kultur jaringan ada beberapa tahap tahap yang harus dicermati sebelum melakukan kultur jaringan. Beberapa tahapan tersebut ada sebagai berikut :
1.Pembuatan media
Pembuatan media itu adalah tahapan pertama yang sangat penting untuk dilakukan. Seperti yabg telah dikatakan tadi, pemilihan atau pembuatan media memiliki perani yang sangat penting untuk kelanjutan atau keberhasilan kultur jaringan.
2.Inisiasi
Insiasi itu adalah tahapan dimana plasma nutfah tanaman diambil atau dikorek dari tanaman. Bagian tanaman yang sering dipakai atau diambil adalah di bagian tunas tanaman.
3.Sterilisasi
