Bermain di kasta kedua namun prestasi Persipura Jayapura masih luar biasa dibandingkan klub-klub di Indonesia. Sudah mengoleksi 4 trofi Liga Indonesia dan sudah mencapai perempatfinal Piala AFC ada tahun 2011, bahkan sampai semi-final pada tahun 2014. Hal ini menjadi alasan klub yang berasal dari Papua ini masih berada di posisi terbaiknya hingga tahun 2023 ini.
Pada rangking FIFA, posisi Persipura masih terbaik dibandingkan beberapa klub besar seperti Chonburi Fc (Thailand) pada posisi ke-83 bahkan masih baik dibandingkan salah satu klub tersukses asal Qatar, Al Gharafa yang berada pada posisi ke-93.Â