Keterpaduan stakeholder menjadi penunjang yang sangat penting dalam pengelolaan pembangunan dimana harus menggunakan pendekatan dua arah (top down dan bottom up) demi terciptanya keselarasan elemen pengelolaan wilayah pesisir secara terpadu.
Berdasarkan konsep pengelolaan yang sudah terbentuk itu, masih banyak kendala yang dihadapi pemerintah maupun masyarakat. Secara alamiah, masyarakat pesisir merupakan elemen yang terjun langsung dalam pemanfaatan potensi sumber daya pesisir beserta pengelolaannya, namun karena latar belakang pendidikan dan pengalaman masyarakat pesisir yang kurang maka potensi sumber daya tersebut tidak bisa dimanfaatkan secara maksimal.
Sebagai pemerintah seharusnya turut serta dalam pengembangan sumber daya masyarakat pesisir demi terciptanya masyarakat yang mampu mengembangkan dan mengolah sumber daya pesisir menjadi sektor yang menjanjikan.Â
Selama ini terlihat bahwa kedua elemen ini seolah berjalan sendiri-sendiri, dimana pemerintahan melakukan pengelolaan demi kepentingan  pusat, sedangkan masyarakat melakukannya demi mendapat hasil sumber daya pesisir dalam jumlah banyak sehingga mampu memenuhi kebutuhan keuangannya.
Terlebih apabila pemanfatan dan pengelolaan daerah pesisir yang dilakukan oleh masyarakat maupun daerah sebagian belum memenuhi ketentuan pemanfaatan sumber daya alam secara lestari dan berkelanjutan. Hal ini akan berpengaruh terhadap kondisi dan kelestarian pesisir dan lingkungannya.Â
Eksploitasi sumber daya secara besar-besaran tanpa mempertimbangkan bahwa sumber daya terdebut dapat diperbarui atau tidak dapat menjadi kelemahan dalam pengelolaan pesisir berbasis masyarakat tanpa bimbingan dan kontroling yang tepat oleh pemerintah.
Adapun permasalahan-permasalahan lain yang ada di kawasan pesisir terkait pengelolaan meliputi: pencemaran, rusaknya habitat fisik, bencana alam, dan pola pikir masyarakat yang cenderung mengikuti adat istiadat yang berlaku meskipun hal itu sudah tidak lagi relevan dengan kehidupan di masa sekarang.
Pencemaran merupakan permasalahan yang memang tidak hanya terjadi di kawasan pesisir. Adanya pencemaran ini sangat mengganggu kelangsungan hidup masyarakat pesisir dan ekosistemnya. Bagi masyarakat, pencemaran ini berdampak pada kesehatan orang-orang yang tinggal di kawasan pesisir, selebihnya pencemaran ini juga akan merusak pemandangan alam pesisir yang notabene merupakan salah satu daya tarik wisatawan untuk berkunjung ke lokasi tersebut. Sedangkan bagi ekosistem, pencemaran dapat mengganggu fungsi biologis biota pesisir, seperti terbatasnya nutrisi untuk ikan dan terumbu karang, hingga paparan racun yang membahayakan organisme di zona intertidal.
Pencemaran ini juga akan berdampak pada kerusakan habitat fisik wilayah pesisir, meskipun presentase kerusakan yang diakibatkannya tidak cukup besar. Umumnya kerusakan habitat fisik ini disebabkan oleh aktivitas manusia seperti konversi hutan mangrove untuk kepentingan pemukiman, pembangunan infrastruktur, dan perikanan tambak dimana aktivitas tersebut dapat menurunkan kualitas ekosistem di wilayah pesisir. Ekosistem yang paling rentan terjadi kerusakan adalah ekosistem terumbu karang.
Kerusakan ini biasanya disebabkan karena (1) penambangan batu karang untuk bahan bangunan, jalan, dan hiasan; (2) penangkapan ikan dengan menggunakan bahan peledak, racun, dan alat tangkap ikan tertentu; (3) pencemaran perairan oleh limbah industri, pertanian dan rumah tangga; (4) pengendapan dan peningkatan kekeruhan perairan akibat erosi tanah di darat, penggalian dan penambangan; dan (5) eksploitasi berlebihan sumber daya perikanan karang. Kerusakan habitat fisik kemudian juga akan berdampak menjadi bencana alam dimana ekosistem sebagai penahannya rusak dan tidak dapat menjalankan fungsinya.
Bencana paling umum yang ada di wilayah pesisir adalah abrasi. Seharusnya abrasi ini dapat dihindari dengan adanya ekosistem yang dapat memecah gelombang air laut agar tidak sampai ke daratan (mangrove dan terumbu karang). Apabila salah dua contoh tersebut mengalami kerusakan maka penahan gelombang air laut menjadi tidak ada. Bencana ini jelas akan menimbulkan kerugian yang lebih banyak dibanding pengelolaan ekosistem habitat di daerah tersebut.
