Serangan-serangan tersebut menyebabkan peningkatan kehadiran di gereja dan pertunjukan patriotisme dalam budaya AS, tetapi juga peningkatan ketakutan dan paranoia tentang terorisme, yang mengarah pada kejahatan kebencian terhadap warga Amerika keturunan Arab, Muslim Amerika, Sikh Amerika, dan warga Amerika keturunan Asia Selatan.
Pusat Kontraterorisme CIA segera mengesampingkan tersangka lain dan menimpakan kesalahan pada Osama bin Laden, dengan mengidentifikasi para pembajak sebagai anggota Al-Qaeda. Amerika Serikat melancarkan Perang di Afghanistan, menargetkan kamp-kamp al-Qaeda, dan akhirnya menggulingkan Taliban, yang telah menyediakan tempat yang aman bagi al-Qaeda.
Pemerintahan Bush secara terbuka membuat alasan untuk melakukan invasi ke Irak, dengan menuduh bahwa presiden negara tersebut, Saddam Hussein, telah memberikan dukungan kepada teroris dan menyimpan senjata pemusnah massal. Namun, invasi tersebut tidak menghasilkan bukti adanya senjata pemusnah massal dan tidak menghasilkan penangkapan bin Laden. Para kritikus mempertanyakan mengapa pemerintahan Bush berfokus pada Irak dan bukannya al-Qaeda.
Selama perburuan bin Laden, CIA mengoperasikan situs-situs gelap, penjara-penjara rahasia di luar AS di mana para agennya menggunakan penyiksaan untuk mengumpulkan informasi intelijen. Beberapa orang berpendapat bahwa metode ini mengarah pada penangkapan bin Laden, sementara yang lain berpendapat bahwa pelanggaran hak asasi manusia seperti penyiksaan tidak dapat dibenarkan.
Pada tanggal 2 Mei 2011, Presiden AS Barack Obama mengumumkan kematian Osama bin Laden, yang bersembunyi di sebuah kompleks di Abbottabad, Pakistan. Pasukan khusus Angkatan Laut AS (US Navy SEAL) telah menyerbu kompleks tersebut dan membunuhnya. Al-Qaeda mengkonfirmasi kematian tersebut secara terbuka dan bersumpah akan membalas dendam, dan dokter Mesir dan pendiri EIJ, Ayman al-Zawahiri, menggantikan bin Laden sebagai pemimpin baru Al-Qaeda.
Keberadaan dan Aktivitas Al-Qaeda yang Terus Berlanjut di Tahun 2010 dan Setelahnya
Meskipun tidak mengaku bertanggung jawab atas serangan-serangan besar di Amerika Serikat pada paruh kedua tahun 2010-an, Al-Qaeda tetap aktif dan menganggap AS sebagai musuhnya. Organisasi ini telah mengalami desentralisasi yang signifikan, dengan kepemimpinan yang tersebar di beberapa faksi di lokasi yang berbeda. Sementara beberapa cabang, seperti di Yaman dan Suriah, telah mengalami penurunan karena serangan yang berhasil dilakukan oleh pasukan saingannya, kehadiran Al-Qaeda di Somalia dan Mali tetap kuat pada tahun 2020.
Status pemimpin Al-Qaeda, Ayman al-Zawahiri, tidak diketahui selama berbulan-bulan di tahun 2020, menyebabkan spekulasi tentang kematian atau status kepemimpinannya. Hubungan kelompok ini dengan Taliban di Afghanistan tetap ada, meskipun ada kesepakatan bahwa Taliban tidak akan mengizinkan kelompok teroris untuk merencanakan serangan dari perbatasannya.
Di Suriah, Front Al-Nusra, sebuah kelompok jihadis yang terkait dengan Al-Qaeda, berperang melawan pemerintah, melanggar hukum internasional dan menyebabkan hilangnya nyawa warga sipil. Sementara itu, kebangkitan Negara Islam di Irak dan Suriah menjadi tantangan bagi Al-Qaeda, yang menyebabkan penurunan aktivitas kelompok ini.
Pada tahun 2019, Al-Qaeda mengalami kemunduran dengan dilaporkannya kematian Hamza bin Laden, saudara laki-laki Osama bin Laden, dan pemimpin baru mereka. Meskipun kebijakan luar negeri AS di bawah Presiden Donald Trump bergeser dari fokus memerangi terorisme, Al-Qaeda tetap relevan dengan menggunakan pandemi COVID-19 untuk mempromosikan pandangannya tentang pembalasan ilahi terhadap kemerosotan moral dan intelektual yang dirasakan Barat.
