Pondok Pesantren sebagai lembaga pendidikan agama islam yang eksis sampai hari ini mencetak santri-santri berwawasan keagaman yang Rahmatan lil'alamin sebagai representasi dari diutusnya Nabi Muhammad SAW  ke muka bumi. Melalui pengajaran kitab-kitab klasik yang dikarang oleh ulama-ulama terdahulu, yang sanad keilmuannya nyambung ke Baginda Nabi Muhammad SAW. Sehingga sangat mustahil untuk melahirkan santri-santri yang berpemahaman radikal. Paham-paham radikal yang dibungkus dengan kedok modernisasi mulai menjamur di Indonesia, dengan bertebarannya ideologi-ideologi  baru yang hal itu malah terkadang merongrong islam sendiri dan negara kesatuan republik Indonesia.
Wajoetomo dalam Dr.H. Masnur (2011:01) mendefinisikan Perkataan pesantren berasal dari akar kata santri dengan awalan "pe" dan akhiran "an" berarti tempat tinggal para santri. Selain itu, asal kata pesantren terkadang dianggap gabungan dari kata Sant (manusia baik) dengan suku kata tra (suka rela) sehingga kata pesantren dapat berarti "tempat pendidikan manusia "baik" . Sedangkan secara terminologis Karel A. Steenbrink menjelaskan bahwa pendidikan pesantren, dilihat dari segi bentuk dan sistemnya berasal dari India. Sebelum proses penyebaran Islam di Indonesia, sistem tersebut telah digunakan secara umum untuk pendidikan dan pengajaran agama Hindu di Jawa. Setelah Islam masuk dan tersebar di Jawa, sistem tersebut kemudian diambil oleh Islam. Istilah Pesantren sendiri seperti halnya istilah mengaji, langgar, atau surau di Minangkabau, rangkang di Aceh, bukan berasal dari istilah Arab, melainkan India.
Secara historis, pesantren sebagai lembaga pendidikan keagamaan murni tidak mengajarkan ilmu-ilmu umum kepada para santrinya. Namun, pesantren fokus menggembleng santri-santrinya dengan kitab-kitab klasik seperti, Kitab Al-Aqidatul Awam, Kitab Ta'limul Mutaalim, Kitab Matan  Safinatunnajah, dan kitab-kitab klasik lainnya. Sehingga, santri-santri pondok pesantren memiliki ilmu pengetahuan agama yang kokoh, dan memiliki moral agama yang juga kokoh. Karena seperti apa yang dikatakan Mastuhu dalam buku Dr.H. Masnur (2011:02) Pesantren merupakan lembaga pendidikan tradisional Islam yang bertujuan agar lulusannya dapat memahami, menghayati dan mengamalkan ajaran Islam dengan menekankan pentingnya moral agama Islam sebagai pedoman hidup masyarakat.
Namun seiring berkembangnya zaman, sistem pendidikan pesantren di Indonesia tidak hanya sekedar berbasis ilmu agama dan kitab kuning. Namun, pesantren di Indonesia mulai melebarkan sayapnya dengan mengajarkan ilmu umum atau ilmu pengetahuan. Bahkan, pihak pesantren membangun gedung-gedung baru untuk penyelenggaran sekolah formal terhadap santri-santri. Hal tersebut merupakan bentuk respon dari perubahan zaman yang berkembang begitu pesat guna menyiapkan santri-santri yang memikliki ilmu pengetahuan umum dan didasari akidah dan tauhid yang mapan. Sehingga nantinya ketika pulang ke masyarakat tidak menjadi bulan-bulanan moodernisasi.
Namun santri diharapkan mampu memahami keadaan zamannya dan membuat perubahan-perubahan yang berorientasi terhadap kebutuhan masyarakat. Kalau kata Paulo Freire dalam Pendidikan Sebagai Praktek Pembebasan(1984:05) Manusia memainkan peranan yang menentukan dalam perwujudan dan penggantian kurun-kurun sejarah. Dapat tidaknya manusia menangkap tema-tema zamannya dan, terutama, bagaimana mereka menangani realitas yang melahirkan tema-tema itu, sebagian besar akan menentukan apakah mereka mengalami humanisasi atau dehumanisasi, pengukuhan sebagai subyek atau pemerosotan sebagai obyek. Hanya bila manusia mampu menangkap tema-tema zamannya, ia akan dapat campur tangan dalam realitas, tidak lagi tinggal diam sebagai pengamat semata-mata.
Seiring dengan perubahan zaman, hingga melahirkan istilah modernisasi yang tak dapat ditolak dan dihindari oleh seluruh sektor kehidupan manusia, baik budaya, ekonomi, dan pendidikan. Namun dii sini penulis tidak akan membahas pengaruh modernisasi terhadap dua sektor tersebut.  Tapi, penulis akan menjabarkan pengaruh dan respon Pesantren terhadap modernisasi. Arti Modernisasi sendiri menurut JW School adalah trasformasi, perubahan dalam masyarakat dalam segala aspeknya. Teori modernisasi menggambarkan proses trransformasi dari masyarakat tradisional ke masyarakat modern. Dari pernyataan tersebut menunjukkan bahwa perubahan dalam masyarakat tradisional mau tidak mau akan mengalami transformasi terhadap  masyakat modern.
Pesantren sendiri sebagai lembaga yang ada di tengah-tengah masyarakat juga akan mengalami yang namanya modernisasi, di mana salah satunya disebutkan di atas bahwa dalam merespon kebutuhan intelektul santri dalam dunia globalisasi, pesanttren menghadirkan sekolah-sekolah formal yang mengajarkan materi-materi umum terhadap santri. Berbeda dengan apa yang dikemukakan Nurcholish Madjid dalam bukunya Bilik-Bilik Pesantren (1997:73) ia mengemukakan beberapa ilustrasi tentang keadaan pesantren yang merupakan segi ketidak cocokannya dengan dunia modern. Keadaan-keadaan itu yang menyebabkan lembaga pesantren "lagging behind the time" atau tidak mampu menjawab tantangan zaman. Sudah tentu ilustrasi ini adalah hasil generalisasi, artinya merupakan penarikan kesimpulan umum, tanpa memperhatikan pengecualian-pengecualian yang mungkin ada. Beeberapa ilustrasi berikut yang dikemukaka Nurcholish Madjid, seperti: lingkungan, Penghuni/Santr, Kurikulum, Kepemimpinan, Alumni, dan tidak matrealistis. Beberapa hal tersebut yang menyebabkan pesantren masi belum siap dan menjadi tantangan yang cukup berat. Karena ketika tidak mampu memberi responsi yang tepat maka pesantren akan kehilangan relevansinya dan akar akarnya dalam masyarakat akan tercabut dengan sendirinya, dengan segala kerugian yang bakal ditanggung.
Dari hal itu semua, pesantren dalam arus modernisasi harus mengambil langkah yang matang dan berpatokan terhadap salah satu nilai yang dipegang oleh Nahdatul Ulama. Yaitu, mempertahankan nilai-nilai yang lama yang masih baik dan menerima nilai baru yang lebih baik atau dalam bahasa arabnya dikenal dengan al mukhafadhutu ala kodimissholeh wal akhdu bil jadidi wal aslah. supaya apa yang dikhawatirkan Nurcholish Madjid tidak terjadi. Karena menurut Luthfi Assyaukanie dalam bukunya Ideologi islam  dan Utopia(2011:32) bahwa agenda reformasi islam yang dihadapi para pembaru abad ke-19 sangatlah berbeda dengan agenda klasik. Mereka tidak hanya peduli pada bagaimana membangkitkan kembali ilmu agama (ihya 'ulum al-din) seperti yang pernah dilakukan al-Ghazali, atau bagaimana membangkitkan kembali  otentisitas islam, sebagaimana dilakukan ibn Taymiyyah, tapi juga bagaimana menghadapi serangan peradaban Barat, dalam segala bentuknya, perhatian utama mereka adalah bagaimana menjadi modern tanpa meninggalkan iman.
Hari ini, pesantren dalam arus modernisasi menampakkan geliat yang positif. Karena beberapa pesantren di Pulau Jawa mampu mengejawantahkan sebagai pesantren yang ketinggalan zaman, kurang update, kuno, kolot, dan lain sebagainya. Dengan membuat trobosan-trobasan baru yang hal itu berorientasi pada kebutuhan santri ketika pulang kemasyarakat dalam menghadapi arus globalisasi. Pondok Pesantren Annuuqayah yang terletak di kabupaten Sumenep Madura Jawa Timur, sudah mampu menciptakan kalaborasi dengan ilmu Sains, Teknologi, dan ilmu kebahasaan(Bahasa Inggris, Â Bahasa Arab, Â dan Bahasa Mandarin). Hal tersebut dibuktikan dengan adanya lembaga formal,dari tingkatan PAUD sampai Perguruan Tingggi. Yang hal itu lengkap dengan jurusan-jurusan kalau yang ditingkatan Sekolah Menengah Atas, dan Fakultas-fakultas di tingkat Perguruan Tinggi. Sementara itu di dalam internal pondok pesantren sendiri, tersedia lembaga pengembangan Bahasa Asing untuk santri.
Hadirnya pondok pesantren modern di Indonesia menjadi hal yang sangat penting untuk kemajuan agama isalam dan bangsa Indonesia. Sehingga nantinya santri lulusan pesantren akan  mampu ditempatkan dalam setiap sektor. Misalkan, dalam sektor birokrasi pemerintahan, dan lain sebagainya. Sehingga ketika santri duduk di kursi pemerintahan akan meminimalisir hal-hal negatiif. Seperti, korupsi dan money politik. Karena seorang santri sudah dibekali iman yang kokoh..
DAFTAR PUSTAKA
Nurcholish Madjid, Bilik-Bilik Pesantren, Jakarta: Paramadina, 1997
Masnur  Alam, Model Pesantren Moderen, Jakarta: Gaung Persada, 2011
Luthfi Assyaukanie, Ideologi Islam dan Utopia, Jakarta: Freedom Institute, 2011
