Di samping kiri (bila kita di alun-alun menghadap ke arah jalan raya) alun-alun terdapat sebuah masjid yang didirikan pada tahun 1817 oleh uyut Thohir dari Kampung Baru. Masjid ini diberi nama Masjid Agung At-Thohiriyah, menggunakan nama uyut Thohir.
Masjid inipun masjid bersejarah. Sering digunakan salat Jumat oleh Presiden Sukarno saat itu, termasuk bila ada tamu-tamu negara beragama Islam yang hendak salat Jumat.
Tercatat Presiden Mesir pernah diajak oleh Bung Karno untuk salat Jumat di masjid itu. Masjid yang cukup representatif sebagai ikon masjid di Kota Bogor saat itu dan berada cukup dekat dari Istana Bogor.
Masjid inipun ternyata di masa lalu memberikan kontribusi yang cukup besar saat perjuangan kemerdekaan dahulu. Batalyon Hisbullah menggunakan Masjid At-Thohiriyah ini sebagai markas mereka. Para pejuang yang gugur, dimandikan, disalatkan dan diberangkatkan ke makam Dreded dari masjid ini.
Bila kita masuk ke dalam masjid, akan nampak jam Jounghans yang berada di areal mimbar yang merupakan hadiah wakaf dari Dr. Marzoeki Mahdi, Dokter Pejuang Ahli Penyakit Jiwa lulusan Sekolah Kedokteran Stovia di Batavia. Beliau dulu adalah jamaah tetap Masjid At-Thohiriyah. Nama Dokter Marzoeki Mahdi kemudian digunakan sebagai nama sebuah rumah sakit jiwa di Kota Bogor.
Kampung Arab Empang
Persis di samping kanan rumah sakit, ada sebuah rumah tua yang di samping kanan rumah tua tersebut terlihat papan nama jalan bertuliskan Jl. S. Baluwel.
Baluwel, ejaan penulisan yang benar seharusnya tertulis Balweel, dan huruf S di depannya adalah kepanjangan dari Salim, merupakan Kapten atau Kapitan Arab keempat.
Kapitan Arab ini adalah jabatan yang ditunjuk oleh pemerintah Belanda di Indonesia kepada pemuka suku Arab, sebagai pendatang di Indonesia, untuk menjadi pemimpin bagi komunitasnya tersebut. Ada pula sebutan kapitan untuk pemimpin kaum Tionghoa.
