John Locke menganjurkan pemisahan negara dan gereja sebagai gagasan pendukung kebebasan beragama, namun Lokce justru ateisme sebagai ancaman bagi negara. Dalam Suratnya tentang Kesabaran Beragama, Locke membenarkan hal ini dengan mengatakan  ateis secara sadar merusak keyakinan orang lain, dan  mereka yang tidak takut akan hukuman Tuhan tidak takut untuk melanggar sumpahnya.
Pada abad ke-18, ateisme masih berbahaya untuk diakui, tetapi beberapa pemikir secara terbuka memeluk kepercayaan materialis mereka. Mekanika dan teori cahaya Isaac Newton menjelaskan serangkaian fenomena misterius sampai sekarang tanpa campur tangan Tuhan. Hukum yang sama tampaknya berlaku untuk setiap benda di alam semesta, entah itu seukuran jam saku atau tata surya. Newton merasa  hukum yang dia temukan adalah hasil dari pencipta yang bijak dan tidak mungkin merupakan karya kebetulan.
Lainnya diperkuat dengan penemuan-penemuan baru untuk mencari penyebab fenomena alam di alam. Julien Offray de La Mettrie , yang secara terbuka menyatakan dirinya seorang ateis, juga mendasarkan pandangan dunianya pada fisika baru. Dalam bukunya The Natural History of the Soul, dia mencoba membuktikan  tidak ada dua substansi, hanya satu materi. Manusia tidak terkecuali dalam hal ini, dia berutang kemampuannya untuk memahami sistem sarafnya yang kompleks, bukan bagian dari substansi spiritual. Menurutnya, selain materialisme, sains memberikan lebih banyak argumen; ini adalah pandangan dunia yang cocok untuk warga negara bebas. Buku La Mettrie menyebabkan kemarahan yang serius. Penulisnya kehilangan tugasnya sebagai dokter militer, dan kemudian harus melarikan diri dari Prancis.
Ia menerbitkan karya berikutnya di Belanda dengan judul The Human Machine. Di dalamnya, ia membandingkan dua gagasan tentang jiwa, materialisme dan spiritualisme. Berdasarkan pengalaman, ia mencoba memutuskan teori mana yang benar. Sebagai seorang dokter, dia mengamati  ada hubungan erat antara kondisi fisik dan mental. Misalnya, konsumsi minuman beralkohol atau cedera kepala dapat memengaruhi daya pikir, namun gejolak jiwa juga dapat memicu gejala fisik. Dia menyimpulkan  fungsi tubuh dan jiwa tidak dapat dipisahkan, berpikir adalah kemampuan otak, dan tidak ada sebagai substansi yang tidak berwujud. Dia berasumsi  dunia yang hidup terus berkembang dan nenek moyang manusia adalah hewan. "Namun, ini terlalu berlebihan bahkan untuk orang Belanda yang toleran." Undangan Frigyes Nagy ke Berlin menyelamatkannya dari kesulitannya.
Meskipun La Mettrie telah dianiaya sejak publikasi pertamanya, hal ini tidak menghalangi orang-orang sezamannya, termasuk Baron Paul Holbach , untuk menentang pemikiran religius berdasarkan hasil ilmu alam. Holbach lebih berhati-hati, menerbitkan tulisannya dengan nama samaran. Dalam bukunya The System of Nature ia menulis:Jika kesalahpahaman tentang alam dapat menciptakan begitu banyak tuhan, pemahaman tentang alam dapat menghancurkan mereka. Agama selalu memenuhi pikiran manusia dengan kegelapan dan membuat mereka tidak mengetahui kepentingan dan tugas mereka yang sebenarnya. Semua anak terlahir ateis, karena mereka tidak memiliki konsep tentang Tuhan.
Belakangan, ahli matematika Pierre-Simon Laplace mengembangkan lebih lanjut mekanika Newton dan merumuskan prinsip determinisme. Menurut ini, keadaan dunia saat ini adalah konsekuensi dari keadaan masa lalu dan penyebab keadaan masa depan. Jika seseorang mengetahui semua karakteristik fisik dasar dari semua komponen alam semesta, dan aturan matematika yang mereka patuhi, seseorang dapat menghitung karakteristik dunia di masa depan. Dikatakan  Napoleon, ketika ilmuwan itu mempresentasikan salah satu bukunya tentang astronomi, bertanya kepadanya: "Di manakah tempat Tuhan dalam sistemnya?" Laplace menjawab, posisi "Tuhan tidak ada : karena saya tidak membutuhkan hipotesis itu."
