Ia sudah bosan dan muak dengan sikap dan perilaku ayahnya dan merindukan ke sekolah. Dulu ia malas pergi ke Sekolah dan belum pernah sesemangat  ini. Kemudian ia mencari cara untuk melarikan diri dari ayahnya. Ia buat lubang pada pada tanah dan menggergaji kayu lalu membuatnya tak nampak. Setelah itu ia memburu babi dan melumerkan darahnya pada dinding rumahnya. Ia mencabut rambut kepala miliknya lalu menemmpelkan pada dinding yang berlumur darah itu dan melarikan diri. Warga desa mengira bahwa ia telah mati. Cara yang luar biasa bahkan tidak dapat dilakukn oleh si jenius Tom Sawyer.
Huck lari ke pulau tak berpenghuni. Tak disangkanya ia bertemu dengan Jim—budak nona Watson. Jim lari karena ia hendak dijual oleh tuannya. Jim mendambakan kebebasan. Bersama dengan Jim, Huck menuju ke selatan. Naasnya, mereka menuju ke wilayah yang semakin kuat perbudakannya.
Dalam pelariannya mereka terjebak pada dua keluarga yang memilik dendam turun-temurun. Setelah berhasil lolos, mereka bertemu dengan Duke dan Dauphin yang mengaku seorang pangeran dan putera mahkota. Karena merekalah, Huck dan Jim terlibat dalam berbagai penipuan di berbagai tempat yang mereka singgahi. Mereka menipu dengan menampilkan drama di sirkus, menjadi pendeta, dan menipu gadis untuk mendapatkan harta warisannya.
Situasi semakin sulit ketika Jim tertangkap sebagai budak pelarian. Huck mencari informasi kemana Jim dibawa. Pencarian itu akhirnya mengantarkannya pada Paman Silas dan disangkanya Huck adalah Tom. Ternyata bibi Sally dan  paman Silas adalah keluarganya Tom Sawyer.
Situasi ini yang kemudian mempertemuannya kembali dengan pasannya bolangnya—Tom Sawyer. Berdua mereka berusaha melepaskan Jim. Tentu saja itu mesti dengan cara-cara si jenius Tom Sawyer. Untu melepaskan Jim sebenarnya muda, namun Tom membuat itu menjadi dramatis dan rumit. Tampaknya Tom adalah anak yang terlalu banyak membaca buku. Setiap alasan yang dikemukakan oleh Tom adalah apa ada dalam buku atau tidak.
Akhirnya Jim bebas dengan kaki Tom sebagai tumbalnya karena tertembak.  Sebenarnya Jim telah dibebaskan oleh pemiliknya yang belakangan diketahui telah meninggal yaitu nyonya Watson. Tapi Tom selalu manjadi anak yang penuh drama sembari berfantasi melakukan hal-hal  yang heroik.
Banyak yang menganggap novel ini menjadi adalah refleksi Mark Twain terhadap perbudakan yang terjadi di Amerika saat itu. Ia ingin mengankat seorang budak negro menjadi lebih manusiawi. Bahwa orang kulit hitampun memiliki hati yang putih. Malah orang kulit putih dicontohkan memiliki hati yang hitam. Jim adalah orang yang sangat bijaksana dan penyayang. Ia digambarkan memiliki kemampuan untuk memahami tanda-tanda guna membaca masa depan.
Terpisahnya dari Tom, membuat kita memahami diri sesungguhnya dari Huck. Seorang anak yang cerdas dan lebih realistis, berbeda Tom yang imajinatif. Bersama dengan Jim kita menjumpai perkembangan-perkembangan pada diri Huck. Terdapat pergolakan batin yang dialami oleh Huck ketika di pulau Jackson antara ia mengembalikan Jim pada yang punya atau melarikannya. Ini pergolakan anatara akal dan hati. Secara akal moral, yang dilakukannya adalah salah. Tapi hati nuraninya bersama Jim. Banyak yang ia lalui bersama dengannya.
Tapi tampanya Huck memang harus mengalah. Di akhir cerita Tom kembali mendominasi. Huck meski diketiaki oleh Tom. Tom adalah khas anak yang keras kepala, penuh imajinasi, namun jenius. Huck tetaplah Huck, Tom Tetaplah Tom. Sikap Huck lah yang sebetulya membuat mereka tetap selalu menjadi pasangan bolang yang melanjutkan petualanyaan selanjutnya. Dan itu adalah sikap yang tetap ditujukan pada temannya yang keras kepala—Tom Sawyer.
