Ini adalah keputusan menarik bagi seorang Suharto, karena bagaimanapun sebagai eks KNIL dan memiliki karir bagus di PETA ia bisa saja menunggu Belanda dan melamar menjadi Perwira KNIL untuk perang dengan Republik, tapi Suharto lebih memilih menjadi pejuang di garis kemerdekaan Republik Indonesia.
Pilihan ini tidak bisa dianggap remeh karena ini bisa menjelaskan watak nasionalisme Suharto yang puritan, ekstrim dan tidak aneh-aneh, setia pada merah putih walaupun kemudian ia gagal paham soal pandangan yang lebih menjlimet lagi ‘soal kedaulatan total’ ide yang dikeluarkan oleh Tan Malaka dan Bung Karno.
Bagi Suharto nasionalisme adalah soal kesejahteraan, cinta tanah air dan rakyat tidak kelaparan. Nasionalisme logistik inilah yang kemudian mewarnai Indonesia selama lebih dari 32 tahun.
Suharto adalah orang yang beruntung, ia tanpa sengaja masuk ke dalam pusaran sejarah dan kenal dengan orang-orang nomor satu di negeri ini. Ia bisa kenal dengan Bung Karno lewat kejadian paling bersejarah: Penangkapan Djenderal Mayoor Sudarsono.
Saat itu Sudarsono adalah orang yang paling berjasa terhadap pembentukan pasukan di Yogyakarta, ia yang menyerang seluruh markas Jepang dan merebut persenjataan sehingga pasukan di Yogyakarta menjadi pasukan terkuat se-Indonesia.
Kekuatan pasukan inilah yang kemudian menjadikan posisi Sri Sultan Hamengkubuwono IX amat penting serta membuat seluruh kabinet Republik Indonesia mengungsi ke Yogyakarta meminta perlindungan pada Sri Sultan Hamengkubuwono IX sekaligus menyusun strategi militer yang lebih komprehensif untuk menghadapi kekuatan Belanda yang menurut data intelijen Inggris dan sudah diterima Sjahrir akan masuk lewat struktur entitas militer bernama NICA.
Di awal tahun 1946 berkembang perdebatan sengit di dua kelompok: Kelompok Sjahrir dan Amir Sjarifuddin yang saat itu mereka bersatu dalam Partai Sosialis (PS) serta menjadi dominan dalam Kabinet menghendaki perundingan kepada Belanda sementara di pihak lain kelompok oposisi yang dipimpin Tan Malaka menghendaki perang total, perang tanpa kompromi dengan Belanda.
“Tak Perundingan, Tak ada diplomasi, Merdeka-lah kita 100%”.
Kelompok Tan Malaka mendapatkan simpati hampir semua perwira militer terutama yang berasal dari PETA. Jenderal Sudirman adalah pengagum Tan Malaka.
Ia selalu berdiri dan bertepuk tangan ketika Tan Malaka pidato, anak buah Sudirman Jenderal Mayoor Sudarsono dan anak buahnya Mayor AK Yusuf juga amat berdiri di garis Tan Malaka, namun ada situasi over acting dari tindakan Sudarsono yaitu menangkap Perdana Menteri Sjahrir dan pengikutnya.
Tindakan Sudarsono ini jelas dikecam Sukarno, seorang pemimpin pemuda bernama Sudjojo memerintahkan Suharto –yang saat itu sudah menjadi Letkol karena keberaniannya dalam perang Ambarawa dan menjadi anak buah kesayangan Jenderal Sudirman- untuk menangkap Sudarsono, sementara tak lama kemudian keluar surat perintah dari Sukarno untuk menangkap Sudarsono.
