Tepat setelah pemisahan Azerbaijan dari Uni Soviet pada tahun 1991, Armenia yang mayoritas penduduknya beragama Kristen menyerang Azerbaijan dan merebut 20 persen wilayahnya, termasuk Nagorno-Karabakh dan tujuh distrik lain di sekitarnya.
Indonesia bersama dengan negara-negara anggota OKI lainnya mengecam keras agresi Armenia tersebut. Perserikatan Bangsa-Bangsa juga mengecam agresi Armenia dan mengeluarkan empat resolusi, yang menuntut penarikan segera pasukan Armenia dari wilayah Azerbaijan.
Baru-baru ini, Duta Besar RI untuk Azerbaijan Husnan Bey Fenani mengatakan kepada media kantor berita Apa di Baku bahwa Indonesia selalu mendukung dan akan mendukung Azerbaijan dalam masalah Nagorno-Karabakh karena yang Nagorno-Karabakh merupakan wilayah Azerbaijan yang diakui secara internasional. Indonesia ingin agar Armenia dan Azerbaijan menyelesaikan masalah Nagorno-Karabakh dengan cara damai.
Karena warisan Islam yang serupa, budaya kedua negara memiliki banyak kesamaan. Bahasa Azerbaijan dan Bahasa Indonesia memiliki banyak kata yang sama berkat warisan Islam.
"Kami memiliki sekitar 2.000 kata dalam bahasa Azerbaijan yang serupa dengan bahasa Indonesia," kata Prof. Habib Zarbaliyev beberapa waktu yang lalu.
Zarbaliyev adalah seorang Indonesianis terkenal di Azerbaijan yang mendedikasikan karyanya untuk mempromosikan Indonesia dan bahasa Indonesia di Azerbaijan.
Pada abad ke-18, penjelajah Azerbaijan Haj Zainal A. Shirwani mengunjungi Jawa dan tinggal lama di Batavia, kota yang menjadi Jakarta saat ini. Sampai saat ini, orang percaya bahwa Shirwani adalah orang Azerbaijan pertama yang berkunjung ke Indonesia. Baru-baru ini, ada sebuah bukti baru yang muncul bahwa pada abad ke-15 ada seorang cendikiawan  Azerbaijan bernama Maulana Malik Ibrahim mengunjungi Indonesia dan menyebarkan agama Islam di Jawa Timur.
Seorang guru besar di  Azerbaijan Prof. Zaur Aliyev dan Duta Besar RI Husnan Bey Fananie mengeluarkan fakta baru tentang Maulana, yang berasal dari Pantai Kaspia di Azerbaijan. Dia pergi ke Samarkand Uzbekistan untuk belajar tentang Islam di abad ke-15. Dari situ ia pergi ke pulau jawa di Indonesia dan menetap disana.
Selama bertahun-tahun, orang Indonesia menganggap bahwa Maulana, yang dikenal sebagai Kakek Bantal dan Sunan Gresik, berasal dari Uzbekistan. Sekarang jelas bahwa Indonesia memiliki hubungan budaya dengan Azerbaijan selama lebih dari 600 tahun.
Turis Azerbaijan banyak yang datan ke Indonesia, khususnya Bali. Banyak orang Indonesia, pejabat tinggi, anggota parlemen, pebisnis, ilmuwan, pemuka agama, politisi, wartawan dan mahasiswa juga mengunjungi Azerbaijan.
