Agama merupakan landasan dan petunjuk yang diberikan Tuhan kepada kita untuk menjalankan ujian di dunia ini. Landasan dan petunjuk ini harus dipelajari dan didalami, sehingga jadilah apa yang disebut dengan ilmu agama. Ada banyak cabang di ilmu agama, diantaranya ilmu tafsir dan ilmu hadist. Ilmu tafsir menjelaskan bagaimana cara kita untuk menafsirkan ayat-ayat tuhan sehingga dapat kita terapkan dalam kehidupan. Sedangkan ilmu hadist mempelajari ucapan dan tingkah laku  Muhammad SAW yang merupakan tauladan kita serta mempelajari bagaimana authentikasi dari ucapan dan tingkah laku tersebut sampai kepada kita.
Pengembangan ilmu sains harus berlandaskan atas dasar-dasar agama, baik untuk membantu umat manusia maupun membantu dalam menggali ilmu agama itu sendiri. Para saintis dan tehnokrat sebaiknya juga mempelajari ilmu-ilmu agama agar memiliki dasar yang jelas dalam pengembangan ilmu sains. Selain itu, dengan mempelajari ilmu agama, saintis juga dapat membantu para ulama dalam menggali ilmu-ilmu agama. Keselarasan antara ilmu agama dan sains harus tetap dijaga, karena seperti dalam kutipan "Sains tanpa agama adalah buta, Agama tanpa sains adalah lumpuh"
UIN Sulthan Thaha Saifuddin Jambi berusaha untuk menyelaraskan antaran ilmu agama dan sains melalui Paradigma Transintegrasi Ilmu.
