Bob kembali bekerja di Indonesia pada 1946 sampai 1956. Ia menjadi profesional di dinas arkeologi dan memegang posisi terkemuka di Dinas Arkeologi Indonesia.
Perannya krusial pada masa transisi. Ia menelusuri banyak situs penting di Jawa, juga sarkofagus di Bali.
Ia aktif membimbing mahasiswa Indonesia. R. P. Soejono termasuk muridnya dan kelak menjadi kolega di proyek NIAS (ScholarSpace, 1976).
Bob memastikan metode kerja yang sistematis tetap dipakai, meski anggaran terbatas.
Dalam waktu sekitar satu dekade, temuan besarnya berderet. Ia menemukan lukisan batu pertama di Sulawesi. Melacak jejak neolitik di Kalumpang. Dan mencatat serpihan paleolitikum di Cabbenge.
Ia meneliti sistem pemakaman guci di Anyer. Sebagai Kurator Prasejarah di Museum Pusat Jakarta, ia menyusun katalog koleksi dan menulis buku Kehidupan Prasejarah di Indonesia pada 1955.
Dua bukunya kemudian menjadi pilar studi prasejarah Nusantara. Zaman Batu di Indonesia terbit pada 1957, dengan edisi kedua pada 1972.
Judul berikutnya, Zaman Perunggu-Besi Indonesia, keluar pada 1958. Karya-karya itu merangkum data yang luas dan menempatkan Nusantara dalam konteks Asia Tenggara.
Atas kiprahnya, Bob menerima gelar Doctor Honoris Causa dari tiga universitas. Ia terus kembali ke Tanah Air setelah itu.
Van Heekeren meninggal di Belanda pada 10 September 1974. Kepergiannya menghentikan rencana penulisan edisi kedua salah satu bukunya.
Namun intinya jelas. Kisah Bob adalah tentang ketahanan intelektual.
