Peran Teknologi e DNA dalam Monitoring Keanekaragaman Hayati Air

Keanekaragaman hayati di perairan seperti sungai, danau, dan laut merupakan aset penting bagi kelangsungan ekosistem dan kehidupan manusia. Sayangnya, menurut Subhan (2023) aktivitas manusia serta perubahan lingkungan telah mengancam keberadaan banyak spesies air, mulai dari yang umum hingga langka. Untuk melindungi mereka, pemantauan rutin atau monitoring sangat diperlukan. Namun, metode konvensional seperti penangkapan atau pengamatan langsung seringkali memakan waktu, mahal, dan dapat mengganggu habitat alami organisme.

Salah satu terobosan teknologi yang kini berkembang pesat adalah penggunaan e DNA (environmental DNA), yaitu DNA lingkungan. e DNA adalah potongan materi genetik yang dilepaskan oleh organisme hidup ke lingkungannya melalui berbagai cara seperti kulit, urin, feses, lendir, atau jaringan mati. Di perairan, fragmen DNA ini tersebar dan mengambang bebas. Melalui teknologi yang tepat, e DNA dapat dikumpulkan dan dianalisis untuk mendeteksi keberadaan spesies tertentu, tanpa harus melihat atau menangkap organisme secara langsung.

Chang, Ye, Xie, & Liu (2025) berpendapat bahwa e DNA memiliki sensitivitas tinggi, cakupan spasial luas, dan metode yang tidak invasif, sehingga menawarkan solusi yang akurat, efisien, dan standar untuk pemantauan ekosistem air  .Pemanfaatan e DNA dalam pemantauan dilakukan melalui tiga langkah utama. Pertama, pengambilan sampel air dari lokasi yang diteliti. Kedua, ekstraksi DNA dari air yang telah disaring, lalu diolah di laboratorium. Ketiga, analisis genetik dilakukan dengan dua pendekatan: menggunakan teknik PCR (polymerase chain reaction) untuk mendeteksi spesies target, atau metode sequencing untuk mengidentifikasi banyak spesies sekaligus dari satu sampel. Sebagai contoh, keberadaan ikan invasif seperti ikan mas dapat diketahui hanya dari air kolam, tanpa perlu menangkap satu ekor pun. Begitu pula spesies langka yang sulit diamati langsung di alam.

Teknologi e DNA memiliki sejumlah keunggulan. Metode ini tidak invasif, artinya tidak mengganggu habitat atau perilaku alami organisme. Selain itu, e DNA cepat, efisien, dan mampu mendeteksi banyak spesies sekaligus dalam satu waktu. Hal ini membuatnya sangat potensial untuk digunakan dalam program konservasi, studi biodiversitas, hingga pengelolaan sumber daya air secara berkelanjutan.

Meski demikian, e DNA juga memiliki keterbatasan. Fragmen DNA di air mudah rusak oleh sinar UV atau suhu tinggi, serta bisa terbawa arus dari lokasi lain. Oleh karena itu, interpretasi data hasil analisis harus dilakukan secara hati-hati dan disesuaikan dengan kondisi lingkungan di lapangan.

Dengan terus berkembangnya teknologi karakterisasi genetik dan analisis molekuler, e DNA berpeluang besar menjadi alat utama dalam pelestarian keanekaragaman hayati perairan di masa depan. Teknologi ini membuka cara baru yang lebih cerdas, ramah lingkungan, dan efektif untuk mengenali siapa saja yang hidup di bawah permukaan air tanpa harus melihat mereka secara langsung.