Oleh karena menjadi benteng pertama dalam menghadang pasukan Belanda maka pasukan mereka dilengkapi berbagai senjata dan Herman Fernandez dipercaya menggunakan senapan mesin (juki) karena postur tubuhnya yang tegap. Keesokan harinya mereka sudah bersiap-siap menghadapi pasukan Belanda yang mulai bergerak perlahan menuju Sidobunder. Hujan mortir dan peluru-peluru musuh menggempur pos mereka dan pos tentara pelajar lainnya. Mereka berusaha membalas namun keunggulan jumlah senjata dan pasukan membuat pasukan Maulwi Saelan tercerai berai. Hal ini menyebabkan Herman Fernandez beserta beberapa temannya (La Indi, La Sinrang dan Losung) terpisah dari pasukan induk. Mereka berusaha melewati sawah yang digenangi air karena hujan turun sangat deras dan akhirnya tiba di sebuah kebun kelapa yang menyebabkan mereka sulit bersembunyi. Peperangan jarak dekat pun terjadi bahkan sesekali terjadi duel satu lawan satu dengan menggunakan bayonet karena mereka kehabisan peluru.
Losung dan La Indi akhirnya tertangkap dan ditembak mati di tempat. Herman Fernandez kepergok seorang opsir Belanda namun peluru La Sinrang yang tinggal satu-satunya berhasil menembus dada opsir tersebut. Tembakan pasukan Belanda lainnya yang semakin mendekat membuat Herman Fernandez dan La Sinrang yang sudah kehabisan peluru berpencar. Pasukan Belanda berhasil menangkap La Sinrang, namun Herman Fernandez berhasil meloloskan diri. Ia berusaha menyeberangi sebuah sungai yang cukup dalam dan berhasil bergabung kembali dengan pasukan Perpis lainnya. Kematian La Indi dan Losung serta tertangkapnya La Sinrang segera dilaporkannya kepada Maulwi Saelan yang segera mengumpulkan pasukannya yang tersisa. Ternayata Alex Rumambi tidak ada dan tidak diketahui keberadaanya maka Herman Fernandez segera ditugaskan oleh Maulwi Saelan untuk mencarinya.
Maulwi Saelan pernah mengungkapkan bahwa postur tubuh yang lebih besar serta kedisiplinanlah yang menjadi pertimbanganya untuk menugaskan Herman Fernandez kembali menyeberangi sungai yang dalam dan deras untuk mencari Alex Rumambi. Tugas ini dijalankan oleh Herman Fernandez dengan penuh tanggung jawab dan ia berhasil menemukan Alex Rumambi yang terluka parah karena tertembak serta tersayat bayonet. Ia menyangka temannya karibnya itu sudah meninggal, namun Alex Rumambi yang sempat membuka mata membuat ia lega karena ternyata masih hidup. Alex Rumambi sempat dibopongnya sejauh beberapa meter namun kondisi medan berupa kebun kelapa yang terbuka membuat mereka mudah dilihat oleh pasukan Belanda. Pertempuran pun terjadi di antara batang-batang pohon kelapa dan akhirnya Herman Fernandez ditangkap setelah tertembak di kaki. Alex Rumambi yang terluka para tidak digubris oleh Belanda karena disangka sudah tewas.
Herman Fernandez sempat ditahan di beberapa tempat sebelum akhirnya bertemu dengan La Sinrang. Ia bersyukur karena La Sinrang yang telah menyelamatkan nyawanya masih hidup juga. La Sinrang menuturkan bahwa beberapa hari sebelum berpisah, seorang Pastor datang dan mengajak Herman Fernandez berdoa. Biasanya kedatangan rohaniawan menandakan bahwa tahanan tersebut akan dihukum mati. Herman Fernandez dituduh membunuh Sersan Nex karena ketika tertangkap ia membawa senjata laras panjang, sedangkan La Sinrang sedang membawa stand gun --yang sempat dipungutnya-- saat tertangkap. Herman Fernandez berusaha melindungi kawannya dengan mengakui bahwa dialah yang membunuh sersan tersebut.
Mereka sering disiksa semena-mena oleh tentara Belanda yang terus memaki Anjing Soekarno! Herman Fernandez pernah ditanya lebih memilih mana Negara Indonesia Timur atau Yogyakarta, namun dengan lantang ia menjawab "Kami kenal dan kami pertahankan cuma satu, Negara Republik Indonesia". Jawabannya membuat ia semakin disiksa sebelum akhirnya dibawa oleh beberapa tentara Belanda dan tidak diketahui kabarnya hingga kini.
Sebelum berpisah, Herman Fernandez sempat berpesan pada La Sinrang "Kalau nanti saya masti ditembak. Tolong sampaikan salam saya untuk teman-teman dan tunangan saya di Asrama Katolik Magelang. Jangan takut mati. Mati ditembak lebih baik daripada mati konyol". Herman Fernandez pun pergi dari hadapan La Sinrang untuk selamanya, namun jenazahnya tidak ditemukan hingga kini. Banyak isu yang berkembang bahwa setelah ditembak mati ia dikubur di suatu tempat yang tidak diketahui keberadaanya, namun ada juga yang mengatakan bahwa mayatnya dimasukkan ke dalam karung dan dibuang di dalam sungai. Satu hal yang pasti bahwa pusaranya yang bersanding dengan ratusan pusara Tentara Pelajar di Taman Makam Pahlawan Kusumanegara Yogyakarta hanya menjadi simbol kematiannya. Simbol bahwa sebagai Tentara Pelajar, ia pernah membela tanah air.
Kabar kematian Herman Fernandez akhirnya didengar oleh keluarganya di kampung halaman, namun sang ibu tidak pernah mempercayai berita tersebut dan selalu menanti kepulangan anak tercintanya hingga ia menutup mata di usia lanjut.
Semoga bermanfaat.
