Tindak pidana Korupsi dinegara ini sering kali menjadi permasalahan yang banyak diperbincangkan, baik oleh penegak hukum, kalangan birokrat, kaum intelektual muda, dan masyarakat penggiat anti korupsi. Proses penegakan hukum tindak pidana korupsi juga banyak menimbulkan polemik yang memicu tanda tanya besar, dimana tindak pidana korupsi dinegara ini seringkali dikaitkan dengan penguasa, pengusaha, dan aparatur penegak hukum itu sendiri. Persoalan penegakan hukum dalam memberantas tindak pidana korupsi dapat dilihat bukan hanya dari segi penerapan hukum berupa penjatuhan hukuman bagi terdakwa perkara korupsi, namun sering kali juga yang menjadi persoalan adalah pelaksanaan hukum formil pada penegakan hukum itu sendiri. Esensinya sebenarnya sama yaitu sama-sama memiliki tujuan untuk memberantas tidak pidana korupsi. Pelaksanaan hukum acara biasanya menjadi banyak perdebatan dikalangan penegak hukum itu sendiri, misalnya yang baru-baru ini kita dengar banyak diperbincangkan di media cetak maupun media elektronik berkaitan dengan kewenangan institusi penegak hukum antara polri dan KPK dalam melaksanakan tindakan penyidikanPenanganan kasus dugaan korupsi Simulator SIM Korlantas Polri, selain dari pada itu terjadi juga polemik kewenangan penuntutan yang dilakukan oleh KPK. Dapat kita ketahui berdasarkan pasal 6 Undang-undang Nomor 30 Tahun 2002 tentang Komisi Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi dengan tegas mengatakan bahwa tugas KPK antara lain :
Pasal 6
Komisi Pemberantasan Korupsi mempunyai tugas:
a)koordinasi dengan instansi yang berwenang melakukan pemberantasan tindak pidana korupsi;
b)supervisi terhadap instansi yang berwenang melakukan pemberantasan tindak pidana korupsi;
c)melakukan penyelidikan, penyidikan, dan penuntutan terhadap tindak pidana korupsi;
d)melakukan tindakan-tindakan pencegahan tindak pidana korupsi; dan
e)melakukan monitor terhadap penyelenggaraan pemerintahan negara.
Banyaknya kewenangan yang dimiliki insitutusi KPK terutama memiliki kewenangan dalam Penyelidikan, Penyidikan, dan Penuntutan menjadikan KPK sebagai lembaga yang extra-ordinary. Pada Pasal 6 huruf c Undang-undang KPK secara tegas dan tersurat mencantumkan mengenai kewenang KPK dalam hal penuntutan, yang dalam teknis pelaksanaan penuntutan yang diajukan oleh KPK yang terdiri dari 1 (satu) ketua dan 4 (empat) wakil ketua yang membidangi Informasi dan Data , Penindakan, Pencegahan, Pengawasan internal dan Pengaduan masyarakat.
Selain itu dapat kita ketahui bahwa pelaksanaan kekuasaan kehakiman pada sistem peradilan indonesia berdasarkan Pasal 24 UUD 1945 menyatakan bahwa kekuasaan Kehakiman harus dijalankan secara merdeka untuk guna menegakan hukum dalam dunia peradilan, dan lebih diperjelas bahwa berdasarkan pasal 41 Undang-undang Nomor 4 tahun 2004 tentang kekuasaan kehakiman yang secara tegas menyebutkan bahwa Kejaksaan RI adalah badan yang fungsinya berkaitan dengan kekuasaan kehakiman dalam menjalankan proses peradilan di Indonesia. kemudian dalam hal penuntutan berdasarkan Undang-Undang No. 16 Tahun 2004 tentang Kejaksaan RI, kita mengenal adanya lembaga penuntutan yaitu Kejaksaan RI yang dapat kita ketahui dalam isi pasal 2 ayat (1) Undang-undang Nomor 16 Tahun 2004 tentang Kejaksaan RI yang bunyinya sebagai berikut :
Pasal 2
Kejaksaan Republik Indonesia yang selanjutnya dalam Undang-Undang ini disebut kejaksaan adalah lembaga pemerintahan yang melaksanakan kekuasaan negara di bidang penuntutan serta kewenangan lain berdasarkan undang-undang
Sangat jelas bahwa berdasarkan Pasal 2 Undang-undang No. 16 Tahun 2004 tentang Kejaksaan RI ini menyatakan bahwa Kejaksaan adalah lembaga yang memiliki kewenangan penuh dalam melaksanakan penuntutan, selain dari itu yang bertanggung jawab dalam pelaksanaan penuntutan di negara ini adalah pemimpin / Kepala dari Kejaksaan RI itu sediri yaitu Jaksa Agung berdasarkan Pasal 37 ayat 1 dan 2 Undang-undang Nomor 16 Tahun 2004. Yang bunyinya
Pasal 37
1.Jaksa Agung bertanggung jawab atas penuntutan yang dilaksanakan secara independen demi keadilan berdasarkan hukum dan hati nurani.
2.Pertanggungjawaban sebagaimana dimaksud pada ayat (1) disampaikan kepada Presiden dan Dewan Perwakilan Rakyat sesuai dengan prinsip akuntabilitas.
Pasal 37 ini dapat juga dengan tegas mengatakan bahwa yang bertanggung jawab atas pelaksanaan penuntutan di negara ini adalah Jaksa agung yang kemudian disampaikan kepada Presiden dan DPR. Kemudian yang menjadi pertanyaannya bagaimana dengan penuntutan yang dilakuakan oleh KPK ? dan bagaimana bentuk pertanggungjawaban penuntutan tersebut ? dimana letak KPK sebagai badan yang fungsinya berkaitan dengan kekuasaan kehakiman dalam menjalankan proses peradilan di Indonesia ? artinya bila ditinjau dari segi kewenangannya, apakah Jaksa Agung RI masih dapat dikatakan sebagai Penuntut umum tertinggi dinegara ini ? lain dari pada itu bila mengacu pada pasal 2 Undang-undang No. 16 Tahun 2004 tentang Kejaksaan RI, apakah sebenarnya dibenarkan ada institusi diluar Kejaksaan RI melakukan kekuasaan negara dibidang penuntutan ? padahal Dengan dibentuknya semua institusi penegakan hukum intinya memiliki tujuan yang sama, esensinya adalah penegakan hukum khususnya dalam pemberantasan Tindak Pidana Korupsi. Meskipun demikian kita juga harus memandang kewenangan tersebut dari kacamata konstitusi berlaku di negara ini.