Dalam perjalanannya, mulai tumbuh friksi perpecahan dalam tubuh JI, khususnya sejak didirikannya Majelis Mujahidin Indonesia (MMI) pada tahun 2000. Ustadz Abu Bakar Ba'asyir, Amir JI sepeninggal Abdul Halim, didaulat menjadi Amir (Pemimpin) Tertinggi MMI. Sebagian anggota dan elite JI setuju asas pemilihan itu, namun sebagian lainnya menolak sehingga menyebabkan mereka yang menolak tersebut keluar dari JI. Meski demikian, JI tetap eksis melakukan aktivitasnya dalam mewujudkan cita-cita organisasi, yakni tegaknya syari'at dan Negara Islam di Asia Tenggara. Secara struktural, organisasi JI meliputi Amir Jamaah (pimpinan tertinggi), pelaksanan harian Amir, anggota Markaziy (Majelis Qiyadah Marakaziyah/badan pekerja Amir), majelis Qiyadah Mantiqiyah, serta majelis Qiyadah Wakalah. Selain itu, juga terdapat fiah atau kelompok-kelompok dalam badan pekerja organisasi.
Jama'ah Islamiyah juga memiliki prinsip dasar perjuangan yang dikenal dengan Ushul Manhaj Haraky li Iqamaddin (Pedoman Umum Perjuangan Jama'ah Islamiyah/PUPJI). PUPJI berlaku untuk seluruh pengurus dan anggota JI. Kesepuluh prinsip PUPJI, ialah [1] Bertujuan mencari keridhaan Allah dengan cara yang ditetapkan-Nya dan Rasul-Nya. [2] Berakidah Ahlussunnah wal Jama'ah Minhajis Shalih. [3] Pemahaman Islam adalah syumul (menyeluruh), mengikuti pemahaman as-Salafus as-Shalih. [4] Sasaran perjuangan adalah memperhambakan manusia kepada Allah semata. [5] Jalannya adalah iman, hijrah, dan jihad fi sabilillah. [6] Bekal ilmu dan takwa, yakin dan tawakkal, syukur dan sabar, hidup zuhud dan mengutamakan akhirat, cinta jihad fi sabilillah, cinta mati syahid. [7] wala' kepada Allah, Rasulullah, dan orang-orang yang beriman. [8] Musuhnya setan jin dan setan manusia. [9] Ikatan jama'ah atas kesamaan tujuan, akidah, dan pemahaman terhadap agama. [10] Pengamalan Islam secara murni dan kaffah (sempurna), dengan sistem jama'ah, kemudian daulah (negara), lalu khilafah (pemerintahan Islam meliputi banyak negara).
Dalam prakteknya, tidak semua anggota dan kader JI menegakkan misi dan visi JI guna mencapai tujuan organisasi dengan cara yang damai dan santun. Sebagian, karena pemahaman mereka terhadap ajaran agama yang sempit, melakukan aksinya dengan jalan kekerasan, semisal pemboman tempat-tempat publik, khususnya yang banyak didatangi kalangan asing (kafir). Karena maraknya aksi terorisme dan keterlibatan kalangan JI dalam aksi tersebut, juga jaringan organisasi ini yang dinilai membahayakan, membuat Perserikatan Bangsa-Bangsa (PBB) memasukkan JI ke dalam organisasi teroris Internasional, setara dengan Al-Qaeda dan kelompok Abu Sayyaf di Filipina Selatan. Namun demikian, secara organisatoris JI Indonesia dan Asia Tenggara tidak punya kaitan langsung dengan JI di Mesir, Syria, Pakistan, maupun negara lain. Hanya kesamaan tujuan tertentu saja, yakni sebagai gerakan yang sarat unsur politis.
Lalu, kelompok terakhir yang akan kita bahas adalah Liberalisme Islam atau biasa disebut Islam Liberal. Istilah ini pertama kali digunakan oleh sarjana-sarjana Barat, seperti Leonard Binder yang menyebutnya Islamic Liberalism, dan Charles Kurzman dengan Liberal Islam. Istilah tersebut digunakan untuk mengategorikan sebuah aliran Islam baru yang terlihat sejajar dengan berbagai mazhab dalam Islam. Yang dalam maksudnya adalah aliran pemikiran baru yang bersifat liberal di kalangan umat Islam. Namun, Islam Liberal tidak dapat dikategorikan sebagai mazhab Islam karena tidak bersumber pada induk yang disepakati mazhab-mazhab dalam Islam, yaitu al-Qur'an dan al-Hadits, dan Islam Liberal bertujuan meliberalisasikan Islam dan membongkar ajaran-ajarannya yang telah disepakati seluruh umat Islam.
Mungkin sering kita dengar istilah "pluralisme" yang kadang disalahartikan oleh sebagian orang, mereka menganggap pluralisme itu sama dengan "ekualisme". Keduanya tentu berbeda, dalam pandangan bahasa maupun istilah. Pluralisme adalah paham yang mengakui perbedaan yang ada di masyarakat, sedangkan ekualisme adalah paham yang berusaha menyamakan perbedaan yang ada. Jadi pluralisme tidaklah seburuk yang sebagian kalangan pikirkan, hal ini hanya dikarenakan kesalahan dalam mengistilahkan saja dan memposisikannya sama seperti ekualisme.
Liberalisme Islam terjadi dikarenakan kebebasan yang terlalu berlebihan dalam menyikapi segala hal yang ada di masyarakat, termasuk agama. Para aktivis HAM ekstrim sering menabrak hukum yang berlaku di dalam negara ataupun norma-norma sosial yang berlaku di dalam masyarakat tertentu. Misalnya tentang kesetaraan gender (gender equality) antara laki-laki dan perempuan, hal ini ada kalanya terlalu berlebihan karena ingin menyamakan hal yang sudah jelas terlihat berbeda secara fisik dan tidak bisa begitu saja sama karena memiliki perbedaan secara biologis. Dalam kasus lainnya, seperti kelompok LGBT yang berusaha melegalkan pernikahan jenis kelamin yang sama. Memang harus kita akui bahwa di setiap tempat dan lingkungan bermasyarakat memiliki aturan yang berbeda-beda. Namun perlu disadari pula bahwa tujuan hukum diciptakan ialah agar segala kebebasan manusia yang hidup di dunia berjalan tertib dan tidak menyebabkan kerusuhan yang meluas di mana-mana. Salah satunya, dibuat peraturan lalu lintas agar ketertiban antar kendaraan dapat terpelihara dengan baik. Tetapi jika hanya dengan alasan kebebasan buta, maka bisa saja peraturan lalu lintas dianggap melanggar kebebasan berkendara sehingga dapat mengakibatkan kecelakaan lalu lintas dan merugikan banyak pihak. Begitu pula tujuan diciptakannya aturan dalam agama Islam (syariat) yang baku dan tidak bisa begitu saja bisa diubah secara semena-mena demi kemaslahatan umat Islam sendiri di dalam menjalani kehidupan di dunia maupun akhirat.
Dengan kata lain, kelompok Islam Liberal adalah sebagian umat Muslim yang lebih menjunjung tinggi kebebasan daripada ajaran-ajaran agama Islam yang telah mapan, bisa dikarenakan ketidaktahuan, ketidakpedulian, ataupun salah dalam menginterpretasikan nash-nash agama Islam, contoh kasusnya dengan menggunakan metodologi hermeneutika, bukan dengan kaidah "Ilmu Tafsir" yang berlaku. Ada pun aktivis Liberal pernah menyatakan bahwa sebagian besar kaum Muslim meyakini bahwa al-Qur'an dari halaman pertama hingga terakhir merupakan Firman Allah yang diturunkan kepada Nabi Muhammad secara verbatim, baik kata-katanya maupun maknanya. Ia melanjutkan, "Keyakinan semacam ini sesungguhnya lebih merupakan formulasi dan angan-angan teologis yang dibuat oleh para Ulama sebagai bagian dari doktrin-doktrin Islam. Hakikat dan sejarah penulisan al-Qur'an sendiri sesungguhnya penuh dengan berbagai nuansa sulit, dan tidak sunyi dari perdebatan, pertentangan, intrik, dan rekayasa." Pendapat semacam itu tidaklah benar dan merupakan perbuatan murtad.
Rasulullah telah mengingatkan adanya tiga penyimpangan di tengah umat. Ketiga hal yang harus diwaspadai itu adalah penyimpangan kelompok yang melampaui batas (tahrif al-ghalin), klaim kelompok batil (intihal al-mubthilin), dan interpretasi orang-orang bodoh (ta'wil al-jahilin). Al-Mubarakfuri, pakar Hadits asal India secara rinci menyebutkan tiga perilaku tersebut. Pertama, tahrif al-ghalin, penyimpangan orang-orang yang melampaui batas terjadi melalui [1] penyimpangan ahli bid'ah terhadap makna al-Qur'an dan al-Hadits sehingga keluar dari maksudnya, dan [2] terlalu ketat dalam memahami agama. Kedua, intihal al-mubthilin, klaim orang-orang batil terjadi melalui [1] klaim dalil yang tidak sesuai tempatnya, dan [2] sinkretisme atau pencampuradukan agama. Ketiga, ta'wil al-jahilin, interpretasi orang-orang bodoh terjadi melalui [1] penafsiran al-Qur'an dan al-Hadits dengan penafsiran yang salah, dan [2] menganggap sepele penafsiran al-Qur'an dan al-Hadits, serta meninggalkan perintah berdasarkan penafsiran yang lemah.
Lalu bagaimanakah deradikalisasi dan deliberalisasi menggunakan perspektif Aswaja (Ahlussunnah wal Jama'ah)? Tentunya melalui pendekatan moderasi Aswaja. Moderat atau wasath (tengah), menurut as-Syathibi merupakan karakter kebanyakan hukum syariat. Tengah dalam arti di antara menyulitkan (tasydid) dan memudahkan (takhfif). Kebanyakan hukum syariat berkarakter moderat, tidak mudah secara mutlak dan tidak sulit secara mutlak (la 'ala muthlaq al-takhfif wa la 'ala muthlaq al-tasydid).Rasulullah saw. bersabda: "Sesungguhnya Allah maha lembut, menyukai kelembutan. Dia memberikan pada kelembutan sesuatu yang tidak diberikan pada kekerasan dan sesuatu yang tidak diberikan kepada selainnya." Karakter moderat Aswaja merupakan karakter Islam murni, seperti yang diajarkan Nabi Muhammad. Sejarah membuktikan umat Nabi Muhammad sejak kurun pertama hingga kini, selalu berada di "garis moderat".
Seperti yang dikutip dari buku Khazanah Aswaja yang diterbitkan pada Oktober 2016, bahwa implementasi prinsip tawasuth, tawazun, dan i'tidal sebagai karakter Ahlussunnah wal Jama'ah dapat dilakukan dengan beberapa hal, yaitu [1] Memadukan operasionalisasi dalil aqli dan naqlidengan tetap menempatkan dalil aqli di bawah dalil naqli; atau dalam ungkapan lain mendudukkan rasio secara proporsional, tidak menolak sama sekali penggunaan rasio dan tidak mendudukkan rasio melebihi nash, tekstual-kontekstual seimbang, tidak liberal. [2] Dalam memahami sifat Allah tidak ta'thil (mengingkari sifat-sifat Allah seperti yang dilakukan oleh kaum Mu'tazilah), tidak tajsim (menggambarkan Allah mempunyai organ tubuh seperti kaum Mujassimah), dan tidak tasybih (menyerupakan Allah dengan makhluk seperti kaum Musyabbiyah). [3] Berpegang teguh pada al-Qur'an dan as-Sunnah dengan cara mengikuti mazhab dan manhaj dari Imam Mazhab Empat (Hanafi, Maliki, Syafii, Hanbali). [4] Bersikap toleran pada masalah-masalah furu'iyah (cabang). [5] Meninggalkan sikap ghuluw(berlebihan) dan tatharruf (ekstrim). [6] Menerima hal-hal baru baik berkaitan dengan budaya atau pemikiran dari luar (progresif) sepanjang tidak bertentangan dengan syariat. [7] Menjalankan agama secara proporsional antara ukhrawi dan duniawi, serta seiring antara syariat dan hakikat. [8] Seimbang antara ikhtiar (memilih), usaha, dan tawakkal(berserah diri). [9] Bersikap hati-hati dalam menjatuhkan vonis kafir, sesat, dan semisalnya. [10] Mendudukkan secara jelas antara sifat kehambaan dan ketuhanan.
Pada tayangan Mutiara Hati bertema Tabayyun, Prof. M. Quraish Shihab mengingatkan, "Allah berpesan bahwa kendati sesuatu itu baik dan benar, tetapi kalau ada yang lebih baik dan lebih benar, jangan hanya ambil hanya yang baik tapi carilah yang lebih benar. Orang-orang yang memiliki kecerdasan tinggi dinyatakan oleh al-Qur'an: mereka bersungguh-sungguh mendengarkan uraian-uraian yang benar, lalu mengikuti yang paling benar dan paling baik di antara apa yang didengarnya itu. Di sisi lain, Kitab Suci ini juga mengingatkan bahwa kalau datang seseorang yang dikenal durhaka (berbuat ingkar) membawa suatu berita penting maka tabayyun-lah, maka lakukanlah check and recheckkarena kalau tidak, Anda berpotensi menjatuhkan suatu kesulitan kepada orang-orang yang tidak bersalah. Demikan al-Qur'an memberikan tuntunan tentang perlunya check dan recheck. Sayyidina Ali pernah berkata: Anda kalau hidup dalam suatu masyarakat yang sudah sangat tersebar kerancuan informasinya maka lebih baik berhati-hati, karena kalau tidak, Anda bisa tertipu. Memang, kata Sayyidina Ali, Anda kalau berburuk sangka terhadap orang yang selama ini dikenal sebagai orang baik-baik maka keraguan Anda dan buruk sangka itu bisa menjadikan Anda menzalimi orang lain."
