Program pesantren yang ada harus mampu  meningkatakakan kualitas ahlak para santri  yang ada melalui penanaman nilai keislaman yang lebih matang dan terarah sehingga pesantren menciptakan kualitas sumber daya manusia yang ada melalui pengelolaan Lembaga pesantren. Pesantren sebagi  sebuah Lembaga Pendidikan  yang mempunyai konsep jelas  bagaimana program yang ada dapat berjalan dengan baik, santri diharapkan menjadi seorang yang mampu mempunyai kebijaksanaan dalam melaksanakan kehidupan.[6]  Pengelolaan Lembaga pesantren yang ada mampu menciptakan efektifitas pesantren secara lebih merata serta efisien indikator tercapainya pesantren yang efektif meliputi  fleksibilitas , kemampuan memperoleh dukungan dari internal maupun eksternal,perencanaan yang matang, ketersediaan informasi, stabilitas, kekompakan, ketarampilan sumber daya manusia[7].
Pengelolaan Lembaga Pendidikan memerlukan sebuah sistem yang mampu meningkatkan kualitas mutu yang ada. Mutu Pendidikan  menjadi salah satu peran yang sangat penting dalam  menjamin keberlangungan Pendidikan yang ada. Upaya peningkatan mutu Pendidikan dapat dilakukan melalui berbagai pendekatan yang menekankan pada perubahan pola pikir dan pemberdayaan sumber daya manusia yang berkualitas sehingga mampu menciptakan potensi yang lebih meningkat dalam implmentasi pengelolaaan Lembaga   baik  dalam  perspektif sekolah,madrasah, maupun pesantren. Kefektifan Lembaga Pendidikan  dapat dilkukan dengan baik melalui  keterlibatan semua personel yang ada, sistem pembaharuan yang  selalu  beradaptasi dari waktu ke waktu dan kesadaran Lembaga Pendidikan dalam meningkatkan kualitas institusinya Â
