Belakangan ini banyak Wajib Pajak yang menerima surat pemeriksaan dari Kantor pajak .Disini kita akan membahas mengenai alur pemeriksaan pajak antara lain :
Apabila wajib pajak diperiksa maka akan menerima SP2 (Surat Pemberitahuan Pemeriksaan Pajak). Â Dimana pemeriksaan dibagi 2 yaitu :
- Pemeriksaan Kantor --- Pemeriksaan dilakukan ditempat kedudukan, tempat usaha dan  tempat  Â
                            terdaftar Wajib Pajak
- Pemeriksaan Lapangan ---Pemeriksaan dilakukan di Kantor Pajak tempat Wajib Pajak terdaftar.
SP2 berisi keterangan tim pemeriksa pajak berupa Nama pegawai, NIP, pangkat dan jabatan, nama, alamat dan NPWP wajiba pajak yang diperiksa, Tahun Pajak pemeriksaan, Tujuan  pemeriksaan serta jenis pemeriksaan.
Wajib pajak menerima Surat Permintaan Peminjaman Buku, Catatan dan Dokumen. Maka dalam jangka waktu 7 hari kerja Wajib Pajak yang diperiksa harus memberikan dan meminjamkan dokumen, catatan dan buku sesuai dengan dokumen yang diminta oleh pemeriksa.Â
Apabila dalam batas waktu yang telah ditentukan Wajib Pajak (WP) tidak atau memberikan data belum lengkap maka pemeriksa akan menerbitkan Surat peringatan Pertama dan apabila data yang diminta oleh pemeriksa belum dilengkap oleh WP maka pemeriksa akan menerbitkan Surat Peringatan Kedua. Dan apabila data/dokumen yang diminta belum diberikan juga maka pemeriksa akan menghitung hutang pajak dengan mengunakan Norma.
Pemeriksaan akan meminta keterangan dan dokumen kelengkapan lainnya  kepada Wajib Pajak. Dan wajib pajak berhak untuk memberikan keterangan, tanggapan baik secara tertulis maupun secara lisan. Dalam hal pemeriksaan Lapangan, maka WP wajib untuk memberikan kesempatan ke pemeriksaan apabila pemeriksa mau mengakses data atau memasukin ruangan kerja.
Pemeriksa akan menerbitkan SPHP (Surat Pemberitahuan Hasil Pemeriksaan Pajak) kepada wajib pajak. Dalam jangka waktu 7 hari, WP harus memberi tanggapan atas SPHP tersebut. Apabila dalam jangka waktu yang telah ditentukan WP tidak memberikan tanggapan, maka dianggap WP setuju dengan hasil koreksi yang terdapat didalam SPHP
Pemeriksa akan mengirim surat undangan pembahasan akhir (Closing). Maka WP dapat menghadiri undangan tersebut. Dan apabila masih ada perbedaan pendapat terkait aturan pajak, maka WP memiliki hak untuk dapat membahasnya dengan Tim QA (Tim Quality Assurance) -- Tim dari Kanwil. Dengan cara WP mengajukan surat permohonan pembahasan dengan Tim QA.
