Gedung gereja dibuat dengan gaya joglo dan dihiasi dengan ukiran gaya Jawa yang menutupi 600 meter persegi. Ini termasuk ukiran nanas dari kayu serta ukiran berbentuk jajaran genjang yang disebut wajikan.
Altarnya dihiasi dengan malaikat yang berbusana wayang orang. Karena gaya arsitektur ini, ilmuwan Belanda M.C. Riclefs menyatakan bahwa gereja di Ganjuran mungkin merupakan manifestasi penyesuaian gereja Katolik di Jawa yang paling menonjol.
7. Gereja Maria Annai Velangkanni, Sumatera Utara
Gereja ini merupakan bangunan dua tingkat yang terdiri dari tempat pertemuan di lantai dasar dan tempat ibadah di lantai pertama, sementara menara di atasnya terdiri dari tujuh lantai sebagai lambang bahwa di surga terdapat tempat untuk semua orang.
Menara ini sendiri merupakan perwakilan Raja Gopuram (kubah raja) dalam arsitektur Hindu. Di atas bangunan gereja ini juga terdapat tiga kubah yang dibangun dengan gaya Mughal dan merupakan lambang Tritunggal dalam konsep ketuhanan Kristiani.
