Yang menjadi misteri dan sangat spektakuler adalah temuan terakhir pada akhir Maret 2010 berupa rumah panggung dari kayu yang hangus terbakar dan masih tampak berdiri tegak. Satu unit rumah tersebut berdiri di atas talud dari batu putih setinggi 2,5 meter.
Selain itu juga ditemukan satu unit rumah kayu lain yang baru tampak pada bagian atapnya, menurut perkiraan bangunan rumah tersebut berada dalam satu kompleks dengan candi dan kemungkinan merupakan satu zaman.
Balai Arkeologi Yogyakarta memperkirakan kedua unit rumah itu merupakan bangunan rumah masa Mataram Kuno, dan bisa kemungkinan pada abad 9 Masehi silam tempat tersebut adalah sebuah desa atau dusun kecil yang menghilang dengan terjadinya proses alam seperti tanah longsong atau gempa bumi lainnya. Sehingga tempat tersebut terpendam lonsorann tanah dan pasir atau lahar yang begitu derasnya.
[caption id="" align="aligncenter" width="500" caption="Sejauh ini Pemerintah Kabupaten Temanggung untuk kepentingan penelitian situs ini telah membebaskan lahan sekitarnya seluas 5.630 meter persegi milik warga setempat yang saaty itu digunakan untuk penambangan galian C. Penelitian situs ini sangat penting untuk mengungkap misteri sejarah peradaban jaman Mataram Kuno, yang membangun perkampungan di Liyangan. (photo: arcomsoekarno.blogspot.com)"]
Dari hasil penelitian sementara yang berhasil dikumpulkan tim arkeologi, bahwa secara umum, potensi data arkeologi situs Liyangan tergolong tinggi berdasarkan indikasi, antara lain luas situs dan keragaman data berupa bangunan talud, candi, bekas rumah kayu dan bambu, strutur bangunan batu, lampu dari bahan tanah liat, dan tembikar berbagai bentuk.
Disisi lain juga diperoleh kabar berupa struktur bangunan batu, temuan tulang dan gigi hewan, dan padi, berdasar gambaran yang lain dari hasil survei penjajakan tersebut Balai Arkeologi Yogyakarta menyimpulkan bahwa Situs Liyangan merupakan situs dengan karakter kompleks, yaitu yang mengindikasikan bahwa lokasi tersebut adalah situs permukiman atau sebuah desa atau dusun di masanya, selain itu merupakan pula situs ritual, dan situs pertanian.
Kunikan lain dari hasil penemuan selanjutnya adalah luasan imajiner situs Liyangan berdasarkan survei diperkirakan tidak kurang dari dua hektare. Di area tersebut tersebar data arkeologi misteri yang menunjukkan sebagai situs perdusunan masa Mataram Kuno. Mengingat sebagian situs terkubur lahar, masih sangat dimungkinkan luasan situs lebih dari hasil survei.
Hasil penelitian tim Balai Arkeologi menyimpulkan bahwa data arkeologi berupa sisa-sisa rumah berbahan kayu dan bambu merupakan situs perdusunan masa Mataram Kuno sekitar 1.000 tahun lalu. Akan tetapi yang menjadi tanda tanya dan menjadi penelitian yang menarik adalah, kayu-kayu yang menjadi bagian terpenting bangunan di area situs Liyangan tersebut hingga sekarang sebagian nampak masih kokoh tidak termakan zaman.
Justru sebagian kayu-kayu tersebut masih nampak utuh tampa cacat sedikitpun. Hingga sampai sekarang penelitian tentang kayu-kayu tersebut masih dilakukan di  laboratorium Balai Arkeologi Yogyakarta.
Mitos dan misteri Liyangan  beserta kompleksnya menceritakan bahwa dengan penggalian tersebut maka setelah tanah terpotong akan kelihatan secara konstruksi dan diketahui tanah lapisan budaya, maka akan merekonstruksi pula adanya aktivitas manusia masa lampau serta peristiwa apa saja yang pernah terjadi pada kawasan situs Liyangan, akan tetapi masih diperlukan  metode yang benar untuk mengungkap misteri yang ada pada Liyangan dan kompleksnya tersebut.
