Banyak keunikan juga yang bisa dijumpai ketika menjelajahi ruang-ruang kosong yang gelap di dalam goa ini. Pengalaman yang paling mengesankan adalah merasakan air jernih yang disebut sebagai "air zam-zam Pamijahan" langsung dari sumber mata airnya. Cita rasa airnya segar dan agak manis seperti air mineral.
Selain sumber mata air jernih di dalam gua juga terdapat lubang-lubang di atas goa yang bentuknya menyerupai peci haji. Menurut kepercayaan kuncen goa dan warga setempat, apabila kepala para peziaran cukup atau pas dengan ukuran peci haji tersebut maka orang tersebut akan ditakdirkan berangkat ke tanah suci.
Di balik keunikan cerita tentang goa Pamijahan ini, ternyata sejak awal goa ini sudah terhubung dengan pengaruh Islam melalui peran dua wali besar, yaitu Syekh Abdul Qadir Jaelani dan Syekh Abdul Muhyi.
Karomah Auliya
Kedua Waliyullah ini memandang Goa Safar Wadi sebagai tempat alamiah ciptaan Tuhan dengan sababiah karomah auliya. Dalam sejarah perkembangan Islam di Jawa Barat, kedua Waliyullah ini memanfaatkan Goa Safar Wadi untuk tujuan yang sama dengan caranya masing-masing.
Syekh Abdul Qadir Jaelani lebih banyak memanfaatkan goa ini untuk mengumpulkan para wali, mulai dari kegiatan ibadah, konsolidasi, kaderisasi wali, serta tajrid dan taqarrub kepada Allah. Fungsi-fungsi goa yang dimanfaatkan Syekh Abdul Qadir Jaelani ini masih meninggalkan bukti di sejumlah sudut ruang di dalam goa.
Misalnya ada tempat yang dipercaya menjadi masjid dan menara sebagai peninggalan tempat untuk beribadah para wali di dalam gua. Ada juga jalan yang menghubungkan ke Mekkah, Cirebon, Surabaya, dan Banten sebagai tanda tempat pertemuan para wali.
Di dalam Goa Pamijahan ternyata ada juga perpustakaan yang digunakan sebagai tempat pendidikan, dalam rangka kaderisasi dan penyebarluasan agama Islam ke seluruh penjuru tanah air. Selain perpustakaan ada juga tempat semedi yang dipercaya sebagai bukti bahwa tempat tersebut pernah menjadi  tajrid (menyirnakan) dan taqarrub (mendekatkan diri) kepada Allah.
Fungsi Goa Pamijahan ini tetap dijaga dengan baik oleh Syekh Abdul Muhyi selaku penerus perjuangan gurunya, Syekh Abdul Qadir Jaelani. Goa tetap menjadi tempat untuk mendekatkan diri kepada Allah SWT sekaligus sebagai tempat mengenang kembali perjuangan para wali-wali (Auliya) dalam menyebarluaskan agama Islam.
