Sejak tahun 1960 pemerintahan RI menempuh cara lain yang sama sekali untuk memasukkan wilayah Irian Barat ke dalam kekuasaannya. Perundingan tidak lagi ditempuh secara biasa tetapi akan di dudkung oleh gerakan-gerakan militer untuk memperkuat bargening position (kemampuan berunding) mengenai masalah ini dalam sumber sejarah belum terungkap secara lengkap tetapi nampaknya di dalamnya negeri sendiri ada dua tafsiran menegnai arah yang baru. (R.Z. Leirissa, 1992, Hal 23).
C. Perjuangan Melalui Konfrontasi
1. Pembentukan pemerintah sementara
Irian Barat di sao siu tanggal 17 Agustus 1956 merupakan program kerja kabinet Ali Sastroamijjoyo II. Sebagai gubernur pertama di tunjuk oleh Sultan Tidore Yaitu Zaenal Abidin Syah yang pelatikannya dilakukan pada tanggal 23 September 1956. Pertimbbangan pengangkatan sultan Zaenal Abidin Syah Sebagai gubernur Irian Barat adalah bahwa sampai dengan Akhir Abad ke-19 Irian Barat berada di bawah kekuasaan sultan tidore. Provinsi irian Barat meliputi wilayah Irian Barat yang masih diduduki belanda di tambah dengan daerah Tidore, Oba, Weda, Patani, dan wasile di Maluku Utara.
2. Pemutusan Hubungan Diplomatik
Dalam ber pidato yang berjudul  "Jalannya Revolusi kita bagaikan malaikat Turun dari Langit (Jarek)" pada peringatan hari kemerdekaan RI Tanggal 17 Agustus 1960, presiden soekarno mengumumkan pemutusan hubungan diplomatik dengan belanda sebagai tanggapan atas sikap belanda yang dianggap tidak menghendaki penyelesaian damai masalah Irian Barat. (Rusyanto. 2014. Hal 39).
