Setelah menyimpulkan dari beberapa tanggapan yang beragam dari para panitia BPUPKI akhirnya diputuskan oleh Ketua panitia BPUPKI melalui voting dengan materi voting yaitu,
1. Hindia Belanda yang dahulu.
2. Hindia Belanda yang dahulu, Malaka, Borneo, Papua, Timor dan Kepulauan di sekitarnya.
3. Hindia Belanda yang dahulu, ditambah malaka dipotong papua.
Setelah dilakukan voting oleh 66 orang anggota yang hadir didapat hasil adalah;
Pilihan pertama 19 suara.
Pilihan kedua 39 suara.
Pilihan ketiga 6 suara.
Lainnya 1 suara.
Abstain 1 suara.
Sehingga didapat keputusan untuk menggunakan pilhan kedua sebagai dasar pembentukan negara Indonesia. Keputusan ini juga berdasar asas uti possidetis yuris, yang mengatur bahwa batas wilayah dari suatu negara bekas jajahan adalah berdasarkan batas wilayah yang dikuasai oleh pemerintah kolonial sebelum negara jajahan tersebut merdeka.
Dan yang tidak kalah penting dan dibanggakan dalam perumusan pembentukan negara ini didalam keanggotaan BPUPKI ada terdapat putera suku asli dari Papua, yaitu Silas Papare dan AB Karubui, yang berpartisipasi dengan aktif dalam rangka mengagas naskah UUD 1945 sebagai landasan konstitusional untuk dasar pembentukan NKRI.
Meskipun pada saat itu BPUPKI menetapkan wilayah yurisdiksi Indonesia, namun seiring waktu berjalan pada realisasinya beberapa daerah dan wilayah masih dalam kekuasaan asing termasuk daerah Papua.
Sehingga usaha usaha perjuangan kemerdekaan juga dilakukan dengan upaya diplomasi seperti perjanjian Linggar Jati, perjanjian Renville ataupun Konferensi Meja Bundar serta perjuangan konfrontasi bersenjata seperti halnya juga Tri Komando Rakyat (Trikora) yang dicanangkan oleh Presiden Soekarno.
Isi Trikora adalah;
1.Gagalkan negara boneka Papua buatan Belanda.
2.Kibarkan sang merah putih di Irian Barat, tanah air Indonesia.
3.Bersiaplah untuk mobilisasi umum guna mempertahankan kesatuan tanah air dan bangsa.
Kemudian juga berdasarkan hasil Konferensi Meja Bundar ditetapkan secara de facto dan de jure mengenai kedaulatan Indonesia adalah meliputi wilayah administratif bekas jajahan Belanda.
Lalu terkait hasil KMB maka Belanda melakukan propaganda untuk memecah belah persatuan Indonesia dengan menggunakan cara de fide et empera sehingga tercetuslah ide ide separatis oleh beberapa kelompok di Papua.
