Sebelum kemunculan film, Jepang sudah memiliki beberapa bentuk hiburan berbentuk cerita dan gambar, salah satunya adalah emakimono dan kagee yang dianggap sebagai pelopor animasi Jepang. Emakimono adalah hiburan Jepang pada abad ke-11 yang bekerja dengan cara dibuka dari kanan ke kiri dengan urutan kronologis, sebagai panorama yang bergerak sementara pendongeng menceritakan legenda atau anekdot. Sedangkan, kagee adalah hiburan Jepang pada masa Edo (1603-1867) yang berasal dari permainan bayangan Cina. Selain itu, boneka teater bunraku dan cetakan ukiyo-e dianggap sebagai nenek moyang dari sebagian besar karakter animasi Jepang. Akhirnya, manga menjadi inspirasi besar bagi animasi Jepang.
Film animasi pertama yang belum terkonfirmasi diproduksi di Jepang diduga berasal dari tahun 1907, dengan judul Katsudō Shashin yang menggambarkan seorang anak laki-laki dengan baju pelaut sedang menulis huruf Jepang. Film ini pertama kali ditemukan pada tahun 2005 dalam bentuk strip seluloid berisi 50 bingkai. Akhirnya, para pengamat menemukan bahwa film animasi pertama yang dikonfirmasi ditampilkan di Jepang adalah Les Exploits de Feu Follet oleh Emile Cohl pada tanggal 1912. Sementara, film-film kartun dari Amerika Serikat dan Eropa pertama kali masuk ke Jepang pada 1914 yang menginsipirasi penulis-penulis Jepang seperti Junichi Kouchi dan Seitaro Kitayama, para “bapak anime.” Film pendek anime pertama dibuat oleh tiga penulis terkemuka, Oten Shimokawa, Junichi Kouchi, dan Sitaro Kitayama.
Selama Perang Dunia Kedua, pemerintah Jepang mulai menggalakkan nasionalisme budaya dengan penyensoran dan kontrol yang ketat kepada media yang melakukan penerbitan. Banyak film ditanyangkan di bioskop, terutama setelah dikeluarkan Undang-Undang Film 1939 yang mempromosikan film-film Jepang. Dukungan tersebut mendorong peningkatan industri perfilman Jepang. Pasca perang, media-media di Jepang seringkali dipengaruhi Amerika Serikat yang membuat banyak orang mendefinisikan anime sebagai animasi apapun dari Jepang setelah 1945.
Pada tahun 1960-an, desain unik anime Jepang mulai bermunculan, karakter dengan mata, mulut dan kepala yang besar. Pemutaran serial anime pertama, Instant History perdana ditayangkan pada 1961. Anime lain seperti Astro Boy juga ditayangkan dan sangat mempengaruhi produksi anime-anime lain. Bahkan penayangannya sudah meluas ke penonton Barat, terutama Amerika Serikat. Namun, pada tahun 1970-an, pasar anime menurun akibat persaingan dari televisi. Banyak animator muda ditunjuk menjadi sutradara serta diberikan suntikan dana dari pemerintah.
Baru lah pada tahun 1980-an, produksi serial anime mulai mengalami peningkatan kualitas visual berkat sutradara baru seperti Hayao Miyazaki pada 1985. Tema cerita anime juga semakin bernuansa dan kompleks. Selain itu, pada tahun 1995, Hideaki Anno membuat anime Neon Genenis Evangelion yang membangkitkan kembali pasar anime di Jepang. Ratusan serial anime ditayangkan pada masa tersebut, termasuk anime terkenal seperti Dragon Ball Z, Sailor Moon, Digimon, dan One Piece.
Sebuah subkultur di Jepang yang menyebut dirinya sebagai otaku mulai berkembang di sekitar majalah animasi pada masa 1980-an. Subkultur ini memiliki beberapa efek kepada industri pada saat itu. Studio produksi Daicon Films sempat memberi kesempatan kepada otaku untuk memimpin serial aniem dengan anggaran terbesar saat itu, Royal Space Force.
Kemudian, pada tahun 2006, lulusan University of California, membuat situs Crunchyroll, sebuah situs streaming anime online pertama yang mempengaruhi anime dengan dubbing bahasa Inggris mulai bermunculan. Situs ini semakin ramai digunakan saat masa pandemi Covid-19, ditambah dengan meningkatnya permintaan anime. Pada tahun 2020, anime Demon Slayer muncul menjadi anime dengan pendapatan kotor tertinggi. Selain itu, pada tahun 2022, anime Attack on Titan mendapat penghargaan “Serial TV Paling Banyak Diminta di Dunia 2021.”
