Di sisi lain dampak negatif dari adanya pabrik ikan ini juga berdampak pada lingkungan sekitar apalagi pabrik ini berdiri didekat permukiman masyarakat. Kebanyakan industry merupakan penyebab dari adanya kerusakan lingkungan. Hal tersebut terjadi biasanya berasal dari limbah industri yang berupa asap menyebabkan polusi udara, limbah cairnya yang menyebabkan pencemaran air bersih karena pembuangannya tidak memiliki  tempat sendiri dan dibuang langsung kesungai atau laut serta limbah padat yang mencemari lingkungan permukiman masyarakat. Hingga kini bau tak sedap tercium ketika melewati wilayah pabrik ikan ataupun di pelabuhan tempat biasa nelayan bersandar. Bau tersebut berupa bau amis ikan ataupun ikan busuk dan sampai sekarang masih belum teratasi.
Dampak yang dihasilkan oleh berdirinya pabrik tersebut harus dilengkapi dengan Instalasi Pengolahan Air Limbah (IPAL) karena Sebagian besar pabrik ikan di Muncar belum memenuhi kebutuhan tersebut. Kurangnya pengetahuan masyarakat mengenai pemahaman Instalasi Pengolahan Air Limbah (IPAL) membuat limbah yang dihasilkan dari pabrik ikan dibuang langsung ke saluran umum dan hal tersebut membuat pencemaran lingkungan di sekitar pabrik.
Dampak negatif perlu diatasi untuk mengurangi pencemaran yang berdampak pada kehidupan masyarakat sekitar. Beberapa upaya dapat dilakukan, seperti berdirinya pabrik ini harus mematuhi aturan dan regulasi yang ditetapkan oleh pemerintah, sehingga pihak pabrik harus membuat saluran limbah agar tidak dibuang langsung kelaut atau sungai, hal tersebut berpengaruh kepada kesehatan lingkungan dan masyarakat sekitar. Perlu adanya sosialisasi kepada masyarakat akan bahaya dari limbah yang ditimbulkan oleh pabrik sehingga masyarakat dapat menjaga lingkungan dan kesehatannya. Pencemaran lingkungan termasuk dampak negative dari berdirinya pabrik ikan ini, limbah yang dihasilkan dapat mengancam kehidupan biota laut.
Pabrik ikan menjadi salah satu sektor penting untuk produksi hasil laut. Namun, dampak yang dihasilkan juga tidak dapat dipungkiri. Eksternalitas yang terjadi memang lebih banyak negatifnya terutama pada limbah yang dihasilkan. Pemerintah juga harus ikut serta dalam penanganan dampak yang ditimbulkan, perlu adanya pengawasan dalam penggunaan teknologi dan  pengolahan limbah yang dihasilkan. Dampak positif juga sangat membantu pertumbuhan ekonomi local daerah tersebut, cuma pembenahan pengolahan dan pembuangan limbahnya perlu diperbaiki karena bau yang dihasilkan membuat masyarakat sekitar ataupun yang melewati jalur tersebut merasa terganggu. Pemerintah, masyarakat, serta pihak pabrik harus bekerja sama dalam menciptakan lingkungan yang sehat dan keamanan bersama.
