Meskipun Ishikawa Goemon mati dalam peristiwa yang mengerikan, kisahnya tetap bertahan dan populer sejak Zaman Edo hingga seterusnya. Ada sebuah puisi perpisahan yang dibuat oleh Ishikawa Goemon sebelum dieksekusi.
"Bahkan jika pasir di sungai dan pantai habis, benih pencuri tidak akan pernah mati."
Terdapat batu nisan untuk mengenang Ishikawa Goemon yang terdapat di kuil Daiunin, Kyoto. Bahkan untuk mengenang kepahlawanannya dalam melindungi anaknya, di Jepang terdapat banyak bak mandi yang dibuat mirip kuali tempat dia dieksekusi, bak mandi tersebut dinamakan Goemonburo.
Jika anda penggemar anime One Piece pasti tidak asing dengan karakter bernama Kozuki Oden, banyak para penggemar One Piece yang berpendapat bahwa karakter Kozuki Oden terinspirasi dari tokoh Ishikawa Goemon. Karena memang di dalam anime tersebut diceritakan bahwa Kozuki Oden dihukum dengan cara direbus hampir mirip dengan kisahnya Ishikawa Goemon.
Tokoh Ishikawa Goemon juga sering menjadi subjek dari banyak orang yang memainkan kabuki (drama panggung Jepang). Salah satunya yang paling terkenal hingga sekarang adalah drama Kinmon Gosan No Kiri (The Golden Gate and Crest Paulownia) karya Namiki Gohei pada tahun 1778 yang dibagi menjadi lima bagian. Pada tahun 1992 Ishikawa Goemon juga menjadi salah satu karakter yang diangkat di dalam perangko seri kabuki di Jepang. Ishikawa Goemon sering muncul dalam berbagai film yang digambarkan sebagai seorang ninja ataupun pencuri. Dia juga sering muncul dalam berbagai game seperti dalam Blood Warrior.
