Namun, dalam pelaksnaannya mendapatkan beberapa hambatan dalam kerjasama yang dilakukan. Hambatannya antara lain :
Terjadi kesulitan dalam mengawasi proyek kerjasama tersebut
Terdapat perbedaan persepsi antara pemerintah dengan pihak swasta dalam konsep proyek
Minimnya modal investasi yang tersedia
Terjadi kerumitan prosedur dalam konsep pengadaan fasilitas dan investasi
Penerapan kebijakan yang berkaitan dengan proyek yang diadakan tidak sepenuhnya dilaksanakan.
     Untuk menghindari adanya hambatan yang mampu meminimlkan kemungkinan kerjasama untuk mencapai kesuksesan maka diperlukan adanya prinsip yang sejalan antrara pemerintah dengan swasta seperti kesesuaian kebijakan PPP. Selain itu, diperlukan transparansi dan kompetitif dalam pengadaan kegiatan kerjasama tersebut serta selalu dilakukannya monitoring terhadap kondisi untuk menghindari ketidaksesuaian kegiatan yang berlangsung dengan konsep yang telah di rencanakan.
