Konflik yang terjadi pada internal KPK semakin menjadi-jadi, paSumber: Kompas.comsalnya dengan bocornya surat terbuka tersebut mengungkap banyak permasalahan yang terjadi pada internal KPK.Â
Melalui pembentukan tim khusus Badan Pemeriksa Keuangan (BPK) RI Â terhadap Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK) telah menemukan banyak permasalahan yang terjadi di internal KPK sendiri.
Tim  khusus  Badan Pemeriksa Keuangan (BPK) mengungkap empat permasalahan yang terjadi pada internal KPK. sejumlah 'kesalahan' internal KPK terbagi menjadi empat kategori, yakni aspek kelembagaan, kewenangan, anggaran, dan tata kelola SDM.
Dalam aspek kelembagaan, KPK diduga menjadi lembaga superbody karena tidak melakukan koordinasi dan supervisi dengan instansi penegak hukum yang lain, seperti Polri dan Kejaksaan.
Dari aspek kewenangan, KPK kerap tidak patuh terhadap perundang-undangan dan KUHAP dalam menjalankan tugas dan kewenangannya. KPK juga dianggap melanggar ketentuan mengelola barang sitaan. Serta, KPK juga dinilai bertindak sendiri terkait eksekusi dan perlindungan saksi.
Sedang dari  aspek anggaran, khusus pada anggaran KPK tahun 2015, Pansus, berdasarkan temuan BPK, menemukan ada kelebihan gaji pegawai KPK sebesar Rp748,4 juta, realisasi belanja perjalanan dinas biasa KPK tidak sesuai ketentuan minimal sebesar Rp1,29 miliar, kelebihan pembayaran gedung KPK sebesar Rp655 juta.
Dari tata kelola SDM, Pansus juga menemukan pelanggaran pengangkatan pegawai KPK, ada 29 pegawai tetap KPK yang belum diberhentikan dari Polri, hingga ada 42 penyidik KPK yang belum dilengkapi surat perpanjangan tugas dari instansi asal.
Sementara itu, tidak hanya pada rana penyidik dan penyelidikan saja, namun juga terjadi pada rana praperadilan. Banyak kasus yang terjadi pada kemenangan tersangka di praperadilan membuktikan bahwa ada kesalahan KPK dalam penetapan tersangka.Â
Hal demikian diungkapkan oleh Pakar Hukum Pidana Romli Atmasasmita dengan mengatakan kemenangan yang terjadi oleh tersangka  di praperadilan sebetulnya sudah jelas bahwa KPK tidak benar. Seperti hanya kasus yang terjadi pada Budi Gunawan sebagai tersangka kasus dugaan kepemilikan rekening gendut.Â
KPK menetapkan Budi Gunawan jelang keputusan fit and proper test Kapolri di DPR RI. Namun, Budi Gunawan mengajukan gugatan praperadilan atas penetapan tersangka tersebut. Pada putusan praperadilan, Budi Gunawan dinyatakan tidak bersalah dan dibebaskan dari status tersangka KPK.
Kekeliruan juga terjadi dilakukan oleh beberapa pejabat internal KPK pada penyebutan nama dan pangkat. Seperti yang terjadi pada kasus kesalahan administrasi pemanggilan empat perwira yang dibuat oleh Komisi Pemberantasan Korupsi (KPK).Â