Banyak partai islam berkonflik diarena internalnya sendiri, misalnya perpecahan di PKB yang berawal dari pemecatan tehadap Matori oleh Dewan Syura PKB dari posisinya selaku Ketua Tandfidz Dewan Pengurus PKB. Pemecatan Matori tersebut dilatarbelakangi kehadirannya saat Sidang Istimewa MPR 2001 yang digawangi oleh Amien Rais untuk memakzulkan Gus Dur.
Konflik internal PKB tidak hanya sampai disitu, kejadian Cak Imin dan pendukungnya melayangkan gugatan ke Pengadilan terhadap kubu Gus Dur, hingga masing-masing kubu di internal PKB mengadakan Mukhtamar Luar Biasa (MLB), akhirnnya putusan pengadilan menegaskan penguasaan partai ada di kubu Cak Imin.
Pada partai PPP juga mengalami dualisme kepengurusan partai, persengketaan dapat kita rasakan saat Djan Faridz menggugat Yasonna Laoly (Menteri Hukum dan HAM) yang menerbitkan surat keputusan terkait pengakuan susunan kepengurusan partai PPP yang diketuai oleh Romahurmuziy. Persengketaan ini berakhir ketika keluarnya putusan Kasasi Mahkamah Agung (MA) Nomor 514 K/TUN/2017 yang menandakan sahnya hasil Muktamar VIII PPP di Pondok Gede tahun 2016 di bawah kepemimpinan Romahurmuziy.
Performa individu pada anggota partai berhaluan islam turut memberi stigma terhadap partainya. Misalnya perkara korupsi yang dilakukan oleh ketua umum maupun elit partai berdampak pada citra partai islam bahkan citra islam itu sendiri. Beruntung kiranya jika masih ada yang menganggap semua itu dilakukan oleh “oknum” yang tidak ada korelasinya dengan agama Islam. Namun sedikit banyaknya pasti berpengaruh terhadap tingkat kepercayaan suara islam terhadap partai islam.
Daftar panjang persengketaan partai yang berhaluan islam pastinya tidak hanya berhenti di PKB dan PPP saja, setiap partai tentunya mempunyai persoalannya masing-masing namun hasil persengketaan itu berpotensi menciptakan barisan sakit hati yang berujung kembali membentuk partai baru dengan berlandaskan islam.
Namun sejatinya Islam tidak dapat dikaitkan dengan perpecahan partai, islam tidak bisa dikapling oleh partai politik untuk dijual demi kepentingan pragmatis. Islam itu satu yakni yang dibawakan Nabi Muhammad Shallallahu 'Alaihi wa Sallam yang berdasarkan Al-.Quran dan As Sunah.
Saat ini marilah kita renungkan kembali, sebaiknya kehadiran partai baru yang berlandaskan islam dapat mengikat setiap lapisan masyarakat islam dengan ikatan tali persaudaraan dan bukanlah sesuatu yang dapat mengotori persaudaraan. Namun saat ini tampaknya dan kita menduga bahwa partai islam dibangun atas ambisi dan persaingan sehingga yang terjadi adalah tercerai berainya suara islam bahkan terkadang menjadi sebab putusnya tali silaturahmi sesama islam.
Teriring diakhir, Syaikh Shafiyurrahman al-Mubarakfuri didalam bukunya “Islam dan Partai Politik (membedah sistem politik dan demokrasi)” mengatakan : “Sudah diketahui bersama, perpecahan adalah salah satu dampak besar yang ditimbulkan oleh partai-partai politik. Bahkan perpecahan merupakan asas dasar daripada kepartaian. Seperti diketahui pula, perpecahan dari macam bentuk apapun dan perselisihan atas dasar apapun tidak patut dan tidak layak dalam islam serta tidak mendatangkan manfaat apapun melainkan malapetaka bagi kaum muslimin”.
