Dalam penerapan suatu kebijakan, tentu saja akan menuai dampak positif dan juga damapak negatif, begitu pula dengan penerapan otonomi daerah di Indonesia.
Otonomi daerah dari sisi positif dapat memberikan banyak sekali manfaat kepada daerah untuk semakin maju. Pemerintah daerah tentu saja akan lebih memahami daerah nya masing masing, dan hal itu pula akan berkaitan dengan urgensi urgensi yang akan di ciptakan oleh pemerintah daerah tersebut. Mulai dari kepadatan penduduk, budaya, agama dan kreativitas yang di miliki oleh daerah tersebut.
Sehingga dengann adanya otonomi daerah, demokratisasi dapat di rasakan secara merata dalam kehidupan masyarakat, sehingga asas keadilan bagi seluruh rakyat Indonesia dapat terupayakan dengan lebih maksimal.
Namun, dalam otonomi daerah ini kerap menimbulkan permasalahan permasalahan yang dalam hal ini menjadi sisi negative dari pelaksanaan otonomi daerah di Indonesia. Hal pertama dan yang paling sering terjadi adalah mengenai peraturan peraturan pemerintah daerah yang bertentangan dengan pemerintah pusat, yang dalam hal ini menimbulkan adanya ketidakpastian hukum. Ada pula kejadian yang kerap terjadi yaitu mengenai ketidakharamonisan pemerintah daerah dengan pemerintah pusat sehingga menjadikan adanya ketidaksesuaian mengenai tujuan dan arah kebijakan.
Lalu apa sih solusi yang tepat untuk menanggulangi permasalahan atau sisi negative tersebut?
Untuk menanggulangi hal tersebut, maka hal yang pertama kali harus di lakukan adalah menjaga hubungan baik antara pemerintah daerah dengan pemerintah pusat. Dengan adanya harmonisasi yang tercipta di antara keduanya, akan berimplikasi pada adanya kesesuaian tujuan dan arah kebijakan dari pemerintah pusat dan pemerintah daerah, sehingga tujuan bersama yang telah di sepakati dapat tercapai.
Ada pula dampak negative lainnya, misal adanya tumpang tindih peraturan. Lalu, apa solusi yang paling tepat ? adanya tumpeng tindih peraturan dapat ditanggualngi dengan perbaikan tatanan perundang undangan, sekaligus menerapkan prinsip ke hati hatian dan juga prinsip kecerrmatan dalam mengambil  suatu keputusan dengan melakukan pegkajian ulang terhadap ada atau tidak nya peraturan yang berkedudukan lebih tinggi di atasnya.
