Berhubung penyandera adalah kelompok militan bersenjata maka operasi lapangan dilaksanakan sesuai arahan Menko Polhukam, oleh tim TNI yang memiliki kerjasama dengan Armed Forces of the Phillipines, khususnya kerjasama intelijen militer. Kemlu-RI mendukung diplomasi dan Badan Intelijen Negara (BIN) memberikan dukungan lainnya.
Panglima TNI Marsekal TNI Hadi Tjahjanto menugasi Bais sebagai handler. Pada tanggal 22 Desember 2019 terjadi kontak tembak antara pasukan Filipina dengan Abu Sayyaf selama 30 menit di pegunungan Panamao di Pulau Jolo, Filipina, seorang tentara Filipina dan seorang anggota Abu Sayyaf tewas. Dalam operasi dua sandera berhasil diselamatkan, sementara Muhamad Farhan tertinggal dan tetap disandera.
Pembebasan Farhan
Tanggal 14 Januari 2020 sore Timgab berhasil mengecoh, lalu mengamankan Farhan dari penyandera. Setelah pelolosan Farhan dibawa dengan berjalan kaki ke titik pelepasan di Barangay Patao, Maimbung dan tanggal 15 Januari 2020, Farhan diserahkan kepada Ketua Baranggai Patao, diserahkan unit intel kepada Panglima Divisi-11, Major General Corleto Vinluan. Sore hari Farhan diterbangkan dengan helikopter dari Sulu ke Westmincom Camp Navarro, Zamboanga.
Tanggal 16 Januari 2020, setelah proses data oleh aparat intel Westmincom, personel NICA dan ISU, Farhan diliserahkan dari Westmincom kepada polisi Filipina, AKU (Anti Kidnaping Unit). Selanjutnya dari AKG Farhan diserahkan kepada Biro Imigrasi dan NICA yang membuat surat kepada Anti Terrorism Council utk dikeluarkan clearance bagi sandera untuk bisa dibawa ke Indonesia.
Farhan didampingi Konjen RI, Athan RI Kolonel Reza Suud dan pihak AKG menuju ke Pengadilan, menyelesaikan
surat pemberkasan kasus yg dijadikan salah satu dasar utk dikeluarkannya clearance dari ATC. Kemudian dilaksanakan serah terima tersandera atas nama Muhammad Farhan dari NICA kepada pemerintah RI yg diwakili Konjen RI di Davao, Dicky Febrian di Fusion intel Center Camp Navarro Westmincom Zamboanga yang dihadiri Intel Westmincom, personel NICA, AKG, dan ISU.
Pada tanggal 17 Januari 2020 Pukul 09.00 WS, M. Farhan dibawa ke Manila didampingi oleh Athan RI di Manila. KBRI di Manila merencanakan akan menerbangkan Farhan ke Indonesia pada hari Selasa tanggal 21 Januari 2020.
Setelah menerima laporan Pembebasan Sandera dari Team TNI, kemarin (16/1) Panglima TNI Marsekal Hadi Tjahjanto di Lanud Leo Wattimena, Morotai, Maluku Utara, memuji kinerja aparat yang telah membebaskan Muhammad Farhan dari kelompok Abu Sayyaf di Filipina.
Panglima TNI juga berterima kasih atas kerja aparat (militer gabungan Filipina dan Indonesia) yang berhasil membebaskan WNI tersebut).
