Penertiban terhadap para pedagang di wilayah bagian selatan Stasiun Tugu Yogyakarta pada tanggal 5 Juli 2017 oleh PT.KAI (Persero) berujung di Pengadilan. PT.KAI (Persero) digugat oleh salah satu pedagang yang terkena dampak yakni Agus Guntoro. Penggugat dalam dalil gugatannya mengatakan bahwa PT. KAI (Persero) Daop 6 Yogyakarta dianggap telah melakukan perbuatan yang melawan hukum, PT.KAI (Persero) dianggap melakukan pengrusakan sehingga menimbulkan kerugian pada penggugat.
Perkara tersebut telah diperiksa dan disidangkan oleh Pengadilan Negeri Yogyakarta dengan register perkara nomor 136/pdt.G/2017/PN.YK perihal gugatan perbuatan melawan hukum berupa pengrusakan terhadap bangunan milik penggugat dan tuntutan ganti rugi ke PT. KAI (Persero) sebesar Rp 1.011.187.600.000.
Setelah melalui proses yang cukup panjang, akhirnya pada tanggal 15 Maret 2018, majelis hakim pemeriksa perkara tersebut membacakan keputusan  dan hasilnya adalah PT.KAI (Persero) dianggap tidak terbukti malakukan perbuatan melawan hukum sebagaimana yang didalilkan oleh penggugat, karena PT.KAI (Persero) tidak terbukti melakukan perbuatan yang melawan hukum maka majelis hakim memutuskan bahwa  PT. KAI (Persero) Daop 6 Yogyakarta dianggap sebagai pihak yang memenangkan gugatan. Pada dasarnya lahan tersebut adalah tanah kesultanan dimana hak pengelolaannya diberikan kepada PT. KAI (Persero) dan penggugat telah menempati lahan tersebut selama hampir kurang lebih 35 tahun tanpa sewa maupun ijin dr PT.KAI (Persero).
Sebelum melakukan penertiban PT. KAI (Persero) Daop 6 Yogyakarta telah melakukan sosialisasi terkait pelaksanaan penertiban tersebut kepada para pedagang. Berselang satu minggu sejak sosialisasi pihak KAI juga telah memberikan Surat Peringatan (SP) 1, SP 2 dam SP 3 kepada para pedagang serta yang terakhir surat pemberitahuan penertiban. Artinya PT. KAI (Persero) Daop 6 telah melakukan semua prosedur yang ada dan tidak menyalahi aturan hukum yang berlaku.
Mulyadi, SH kuasa hukum PT. KAI (Persero) Daop 6 Yogyakarta mengatakan bahwa dasar dari penertiban ini salah satunya adalah surat yang dikeluarkan oleh KPK yang intinya meminta pihak PT. KAI untuk menertibkan aset mereka serta ada juga surat dari warga yang mengeluhkan kondisi Pasar Kembang yang semrawut. Sebelum melakukan penertiban pun PT. KAI (Persero) Daop 6 juga sudah mengantongi surat izin pengelolaan dari Keraton sbg pemilik tanah.
Mulyadi, SH pimpinan kantor hukum "Mulyadi, SH & Partners" juga menambahkan jika dilihat dari fakta yang disajikan oleh penggugat, ia menilai tidak ada fakta hukum yang mendukung gugatan penggugat dimana keterangan saksi tidak kuat dan bukti lainnya hanya berupa foto-foto yang berkaitan dengan eksekusi. Semua bukti yang diajukan oleh PT.KAI (Persero) Â tak satupun yang dibantah oleh penggugat.
Dari keterangan kuasa hukum PT. KAI (Persero) sudah jelas bahwa PT. KAI tidak melakukan perbuatan melawan hukum dimana hak pengelolaan lahan tersebut sepenuhnya ada pada PT. KAI (Persero) Daop 6 Yogyakarta. oleh karenanya maka sangat adil  putusan hakim yang menyatakan bahwa PT.KAI (Persero) Daop 6 Yogyakarta sebagai pihak yg menang dalam perkara tersebut.