Sebagai wujud pembinaan pendidikan olahraga yang mengarah tercetaknya prestasi anak, MAN 3 Bantul memberi kesempatan bagi siswa untuk mengikuti ekstrakurikuler pilihan Pencak Silat sepekan sekali pada hari Kamis. Pencak Silat MAN 3 Bantul dilatih oleh Agus Farkhan, pelatih silat dalam berbagai kejuaraan. Ekstrakurikuler ini dilaksanakan di Gor Balai Desa Wonokromo.
Pencak Silat memfasilitasi peserta didik yang memiliki potensi dan minat untuk memperkaya teknik membela diri sekaligus sebagai latihan fisik anak sehingga menjadi pribadi yang sehat dan prima. Begitupun sebagai olahraga, pencak silat mengutamakan keterampilan fisik agar mendapat kebugaran, ketangkasan, maupun prestasi olahraga dan daya tahan. Dengan berlatih, seorang pesilat berupaya meningkatkan kelincahan anggota tubuh dan kekuatan gerak sekaligus menambah semangat agar prestasi dalam pertandingan.
Selain itu, kegiatan ini mengembangkan potensi yang tersirat dalam pencak silat yang dipertujukkan untuk memperkuat naluri manusia untuk membela diri terhadap berbagai ancaman dan bahaya. Untuk mencapai tujuan ini, taktik dan teknik yang dipergunakan oleh pesilat mengutamakan efektivitas dan menjamin keamanan fisik, jika perlu dengan mendahulukan serangan lawannya.
Pembinaan yang dilakukan MAN 3 Bantul membuahkan hasil yang membanggakan. Telah banyak prestasi yang ditorehkan oleh pesilat MAN 3 Bantul dari berbagai tingkat, baik kabupaten, provinsi, maupun nasional. Baru-baru ini siswa MAN 3 Bantul meraih medali dalam ajang nasional UPY Cup 2022. Hal ini disampaikan Drs. Syamsul Huda, M.Pd. Â Kepala MAN 3 Bantul. Medali yang ditorehkan anak didiknya dalam Kejurnas UPY Pencak Silat Cup III diantaranya satu medali emas diraih Tiara Nur'aini (X G), medali perak diraih Bagus Rahmanto, F.S. (XII IPS 1), dan Juara Umum III atas keberhasilan tim.Â
