Mutual Agreement Procedure penuh dengan kekurangan, pembatasan hak wajib pajak dan tidak masuk akal, ruang lingkup hambatan Mutual Aagreement Procedure terbatas pada akses, arbitrase, transparansi dan keterlibatan wajib pajak, namun terdapat lebih banyak kendala dalam Mutual Agreement Procedure dan juga negosiasi dengan otoritas pajak merupakan alternatif yang memakan banyak biaya dan waktu bagi Mutual Agreement Procedure tidak efisien dan, oleh karena itu, tidak sepadan.
Di Indonesia diketahui  bahwa tingkat efektivitas outcome dari  penyelesaian  sengketa  koreksi  Transfer Pricing  melalui  Mutual Agreement Procedure  di  Indonesia  tidak begitu  memuaskan,  pada  tahun  2016 outcome yang  efektif  adalah  sebesar  60%,  setelah  itu menurun di tahun 2017 menjadi sebesar 42,86%, dan kemudian meningkat kembali pada tahun 2018  menjadi  sebesar  57,14%. Dengan jumlah tersebut dapat kesimpulan bahwa  rata-rata  setiap  tahun  hampir  setengah  dari outcome tersebut tidak  efektif. Selain itu dari beberapa penelitian diketahui  bahwa  penyelesaian  sengketa  koreksi  Transfer Pricing  yang ada di  Indonesia  belum  menghasilkan kesepakatan  atau agreement  to  disagree yang jumlahnya  semakin  meningkat  dari  tahun  ke  tahun. Semula  pada  tahun  2016,  tidak  ada outcome Mutual Agreement Procedure  dengan  hasil no  agreement  including agreement to disagree, yang kemudian menjadi ada outcome di tahun 2017, dan meningkat lagi pada  tahun  2018.
secara umum  yang  menjadi  hambatan  dalam  penyelesaian  sengketa  koreksi  Transfer Pricing  melalui  MAP  di Indonesia dikelompokkan kepada 2 kategori, yaitu hambatan internal dan hambatan eksternal. Hambatan internal adalah hambatan penyelesaian Mutual Agreement Procedure yang berasal dari dalam DJP itu sendiri, sedangkan hambatan eksternal adalah hambatan yang berasal dari luar DJP.(Ilham & Widiastuti, 2022)
Â
Hambatan InternalÂ
Hambatan pertama yaitu terkait dengan Sumber Daya Manusia (SDM), jika ditinjau dari sisi keahlian dan pengalaman SDM saat ini yang menjadi hambatan justru datang dari pemeriksaan, artinya SDM Pemeriksa Pajak yang masih harus dibenahi. Hambatan terjadi ketika hasil pemeriksaan dari pemeriksa pajak dapat dikatakan kurang berkualitas, yang tentu saja hal itu menjadi hambatan pada saat proses penyelesaian Mutual Agreement Procedur atau pada saat akan melakukan negosiasi.
Hambatan internal pada poin kedua adalah yaitu yang terkait dengan keadaan keuangan (budget). Dimana dalam hambatan ini dibutuhkan dana yang harus dikeluarkan untuk biaya perjalanan ke luar negeri dalam rangka penyelasaian permasalahan yaitu dengan mengadakan meeting ataupun rapat.
Hambatan internal ketiga yaitu hambatan dari Teknologi Informasi (TI) yang mana bahwa terjadinya sengketa terkait koreksi Transfer Pricing yang akhirnya diselesaikan melalui MAP sebenarnya juga disebabkan oleh belum adanya suatu sistem informasi yang disediakan oleh Direktorat Jenderal Pajak yang mampu dalam mengolah data-data terkait perpajakan sehingga dapat hal ini dapat dimanfaatkan sebagai suatu alat bantu untuk mengawasi transaksi wajib pajak.
Hambatan Eksternal.
Permasalahan dalam poin pertama ini adalah terkait hambatan yang berasal dari negara mitra adalah
Yang mana penetapan Transfer Pricing bukanlah sesuatu ilmu yang pasti dikarenakan setiap negara memiliki kewenangan tersendiri dalam menetapkan peraturan sehingga setiap memiliki metode masng-masing yang berbeda termasuk dengan metode yang diterapkan di Indonesia.
