Di dirikan oleh NV. Kody En Coster Van Vour Houtsf Tjoekir, pabrik gula Tjoekir pada tahun 1884 sampai dengan perang dunia ke dua. Di tahun 1925 pabrik gula Tjoekir pernah dilakukan rehabilitasi pabrik dengan rangka peningkatan kapasitas produksi, dengan mengganti beberapa instalasi pabrik. Badan penyelenggara perusahaan gula negara (BPPGN) melaksanakan penanaman tebu di pabrik gula Tjoekir sampai tahun 1948.
   Oleh Yusuf Ubay
setelah terjadinya tri komando rakyat (trikora) aksi irian barat, pemerintah di bawah suatu badan yang dikenal sebagai perusahaan perkebunan negara baru mengambil alih pabrik guka Tjoekir. Untuk koordinasi dari pabrik pabrik atau perkebunan bekas milik belanda di jawa timur dalam tahun 1959 sampai 1960 dibagi dalam pra unit di mana pabrik gula Tjoekir termasuk pra unit IV. Dengan adanya salah satu peraturan pemerintah nomor 166 tahun 1961, maka dari itu bentuk pra unit diubah menjadi ke dalam bentuk kesatuan kesatuan di mana pabrik gula Tjoekir termasuk dalam kesatuan jawa timur II.
Kemudian terbentuklah BPUPPN (Badan pimpinan umum perusahaan perkebunan negara, dan di setiap pabrik gula dijadikannya sebagai badan hukum yang berdiri sendiri. Hal ini dengan berdasarkan peraturan pemerintah no 1 tahun 1963 di mana pabrik gula Tjoekir berada di bawah pengawasan BPUPPN gula inspeksi daerah VI yang berkedudukan di jalan jembatan merah nomor 3 - 5 surabaya. Dengan dikeluarkannya peraturan pemerintah nomor 13 tahun 1968, maka dibubarkanlah badan pimpinan umum perusahaan perkebunan negara (BPUPPN) gula atau karung goni, BPUPPN aneka tanaman dan tumbuhan dalam rangka penertiban, penyempurnaan, dan penyederhanaan aparatur pemerintah pada umumnya dan perusahaan gula pada khususnya.
Peraturan pemerintah nomor 14 tahun 1968 tentang pendirian perusahaan negara perkebunan yang merupakan badan hukum. Dengan timbulnya peraturan pemerintah nomor 13 dan 14 tahun 1968 yang berarti peraturan pemerintah nomor 1 tahun 1968 menjadi tidak berlaku kembali, maka kedudukan sebagai badan hukum bagi pabrik gula Tjoekir beralih kepada perusahaan negara perkebunan (PNP). Pabrik gula Tjoekir dalam hal ini masuk dalam perusahaan negara perkebunan nomor XXII yang memiliki badan hukum yang berkedudukan di jalan jembatan merah nomor 3 - 5 Surabaya. Berdasarkan peraturan pemerintah nomor 23 tahun 1973 terhitung mulai tanggal 1 januari 1974, PNP XXII digabung dengan PNP XXI dengan bentuk perseroan terbatas yaitu PT. Perkebunan XXI - XXII (persero) yang berkedudukan di jalan jembatan merah nomor 3 - 5 surabaya.
Pabrik gula Tjoekir sebagai salah satu unit produksinya dan badan hukum berada pada direksi PTP XXI - XXII (persero). Di tingkat pusat dengan SK Menteri nomor 128/Kpta/Org/II/1973 perwakilan BKU PNP wilayah diubah menjadi inspeksi PN/PT. Perkebunan BKU PNP wilayah I sampai dengan IV. Dalam hal jni pabrik gula Tjoekir termasuk dalam inspeksi wilayah IV yaitu PT. Perkebunan XXI - XXII (persero). Pada tahun 1994 berdasarkan SK menteri keuangan nomor 168/KMK016/1994 tanggal 2 mei 1994, maka PTP XXI - XXII (persero) menjadi grup PTP Jawa Tengah bersama dengan PTP XV - XVI, PTP XVII, PTP XIX, dan PTP XXVII. Kemudian peraturan pemerintah RI nomor 15 tahun 1996 tentang peleburan perusahaan perseroan (persero) PTP XXI - XXII, PTP XXVII, dan PTP XIX menjadi perusahaan perseroan (persero) PTPN X (persero), di mana pabrik gula Tjoekir jombang menjadi salah satu unit kerjanya.
Terlepas dari kesuksesan pabrik gula cukir menjadi pabrik gula tersukses di Indonesia saat ini, pabrik gula cukir memiliki sejarah yang kelam saat pendiriannya. Pada masa awal didirikan, pihak belanda melakukan berbagai cara untuk melanggengkan keberadaan pabrik gula cukir. Cara cara licik yang memaksa masyarakat menjadi tergantung kepada mereka, dengan mengambil lahan persawahan dan perkebunan rakyat untuk dibangun pabrik dan perkebunan tebu tanpa mengganti rugi, menjadikan mereka buruh pabrik, dihidupkannya premanisme untuk menjadi penjaga keamanan dan sekaligus mata mata, judi, lokalisasi, perdukunan, tempat hiburan malam, tempat prostitusi, sampai devide et impera praktek yang memecah belah rakyat kecil yang terganggu dengan didirikannya pabrik gula. Dari premanisme ini terlahir padepokan ilmu hitam kebo ireng, yang dipim[in oleh joko tulus/kebo kicak yang sangat ditakuti oleh masyarakat.
Warga yang pada awalnya memiliki lahan pertanian, kemudian terpaksa menjadi buruh pabrik. Setiap malam mereka para buruh pabrik menjadi asik dengan lokalisasi, hiburan malam dan perjudian. Uang mereka yang habis memaksa mereka untuk berhutang, secara tidak langsung memaksa mereka untuk bekerja Kembali sebagai buruh pabrik lagi untuk mendapatkan uang kemudian bersenang senang lagi. Saat itu akhlak dan moral masyarakat benar benar dirusak. Praktek perdukunan juga berkembang pesat, sebagai pengobatan untuk orang sakit, sampai praktek pengusiran makhluk halus saat mengawali masa tanam tebu yang mereka Yakini ada di dalam pabrik.
Pesantren yang berdiri pada masa itu adalah pondok pesantren sumoyono yang dipimpin oleh kyai sumoyono. Dengan murid terbaik surontanu. Kebo ireng dan wiro yang merupakan kakak tingkat surontanu lebih memilih menjadi kaki tangan belanda, surontanu yang berwatak keras memilih cara kekerasan dengan menyerang pusat pusat kegiatan kebo ireng, terjadi peperangan antara kedua tokoh tersebut dengan anak buah mereka. Pada akhirnya belanda menyerang pondok pesantren sumoyono dan kehidupan kemaksiatan terus berkembang.
Kondisi ini berlangsung selama bertahun tahun. Kyai sakiban dan para rekannya merasa harus melakukan sesuatu dengan meminta bantuan kepada kiyai muda Hasyim asyari, untuk memperbaiki akhlak warga di dusun cukir. Salah satunya dengan cara mendirikan pondok pesantren di sekitar pabrik gula cukir. Kh Hasyim asyari dapat membaca permainan politik belanda dalam mengelola premanisme demi keberlanangsungan pabrik gula. Karena itu beliau tidak terang terangan mendirikan pesantren, melainkan disamarkan menjadi padepokan silat.
Berbagai macam tantangan dan ujian beliau hadapi dengan car acara yang penuh kelembutan dan kesantunan seorang guru sejati. Pondok pesantren yang pernah hancur diserang dan dibakar belanda, tetapi dalam waktu 20 hari  berdatangan seribu orang yang membawa bahan bangunan,uang,makanan dan tenaga dari seluruh pondok pesantren se jawa dan madura. Kyai muda penuh kharismati ini kemudian perlahan mulai dikenal dan dihormati masyarakat. Baik masyarakat dusun cukir maupun pondok pesantren Hasyim asyari tidak pernah menentang pendirian pabrik gula, kecuali kemaksiatan yang ditimbulkannya. Pada tahun 1906 beliau meresmikan nama tebu ireng untuk pondok pesantrennya. KH Hasyim Asyari berhasil membangun peradaban baru yang islami di Kawasan cukir. Pada tahun 1920 jumlah santri telah mencapai seribu orang, islam dan pondok pesantren tebu ireng ini merubah sejarah gelap berdirinya pabrik gula cukir menjadi rahmatan lilalamin.
