Sebagai lembaga pendidikan islam tertua di Indonesia, pesantren memiliki tradisi pembelajaran relatif paling kaya dibandingkan dengan lembaga-lembaga pendidikan islam formal lainnya. Dengan demikian, lembaga pendidikan pesantren merepresentasikan sebuah model pembelajaran yang sudah sedemikian matang.
Pengajian kitab kuning yang dilakukan melalui metode sorogan, bandongan, dan halaqoh menjadi bukti betapa lembaga pesantren telah memiliki metode yang mandiri, mapan dan berbeda dengan lembaga pendidikan Islam klasikal formal. Penerjemahan teks Arab ke bahasa Jawa melalui huruf Arab pegon sudah menjadi ciri khas dan model pemahaman teks arab yang hingga kini tetap dipertahankan disejumlah pesantren besar di Jawa.
Pada mulanya pesantren menjadi sebagai pusat pendidikan yang hanya mengajarkan kitab-kitab klasi berbahasa Arab. Memang tidak semua kitab berbahasa arab diajarkan di pesantren. Terdapat sejumlah kitab yang pantang untuk di ajarkan di pesantren. Kitab-kitab berhaluan Syi'ah atau Mu'tazilah misalnya merupakan contoh bahan-bahan yang tabu diajarkan di pesantren.
