Setelah memekarkan diri, proses pembangunan gedung Gereja pun mulai dilaksanakan. Di tahun 1990 tepatnya setahun setelah memekarkan diri dari jemaat sebelumnya, sempat terjadi insiden pada saat pembangun gedung Gereja, dimana bangunan gedung Gereja yang sementara dibangun mendadak roboh, sehingga pembangunan gedung Gereja harus dilakukan ulang.Â
Walaupun demikian, kejadian tersebut tidak mengurangi semangat, keinginan ataupun niat dari Warga Jemaat untuk memiliki gedung Gereja sendiri. Disaat gedung Gereja dalam proses pembangunan, Warga Jemaat menggunakan Kantor Kelurahan Luaan sebagai sarana untuk tempat beribadah sementara.
Meski mengalami beberapa insiden pada saat pembangunan gedung Gereja, namun atas perkenan dan ijin Tuhan, usaha dari Panitia Pemekaran (yang kemudian berganti nama menjadi Panitia Pembangunan Jemaat setelah resmi memekarkan diri) serta topangan penuh dari warga Jemaat akhirnya boleh membuahkan hasil. Pada tanggal 14 November 1993,  Jemaat GMIM Bethesda Luaan akhirnya memiliki Gedung Gereja sendiri. Gedung Gereja ini ditahbiskan oleh Ketua Sinode GMIM ketika itu yakni, Pdt Kelly Herman Rondo, M.Th, dan diresmikan oleh Brigjen (Purn) Cornelis John Rantung yang saat itu menjabat Gubernur Sulawesi Utara. Kebetulan pula Brigjen (Purn) C.J Rantung merupakan warga asli Jemaat  GMIM Bethesda Luaan.
Disatu sisi, selain menjadi Jemaat pertama yang memekarkan diri dari Jemaat Sion Tondano, Jemaat Bethesda Luaan juga menjadi inspirasi bagi 2 kelurahan lainnya (Wengkol dan Kendis) untuk memekarkan diri dari Jemaat Sion Tondano. Kini kedua Kelurahan tersebut telah menjadi Jemaat sendiri dengan nama Jemaat GMIM "Eklesia" Wengkol dan Jemaat GMIM "Tumou Tou" Kendis.
Hingga saat ini setidaknya telah ada delapan Pendeta yang pernah menjadi Ketua Jemaat GMIM Bethesda Luaan. Yakni Pendeta Sumarauw, Pdt. Grease Umboh-Winerungan, S.Th, Pdt. Vanny Arina-Suoth, S.Th, Pdt. Aljte Londok-Muaja, S.Th, Pdt. Jantje Ruru, S.Th, Pdt. Ruddy Pakasi, S.Th, Pdt. Meita Oping, M.Th dan Ketua Jemaat saat ini Pdt. Fonny Sondak-Roring, S.Th yang menjabat sejak Tahun 2020. Saat ini pula Jemaat Bethesda Luaan selain memiliki Pendeta sebagai Ketua Jemaat, juga dilayani 2 Pendeta Jemaat didalam melayani 15 kolom pelayanan.
