Hubungan antara Indonesia dan Malaysia selama 15 tahun belakangan ini mengalami pasang surut.
Tercatat dalam sejarah, Indonesia dan Malaysia pernah mengalami konflik ketika Presiden Indonesia Soekarno, pada waktu itu mengeluarkan seruan untuk menggagalkan pembentukan negara Malaysia yang dalam pandangannya merupakan negara boneka ciptaan Inggris.
Seruan ini kemudian dikenal dengan Konfrontasi IndonesiaMalaysia. Pada masa Orde Baru, hubungan antara Indonesia dan Malaysia nampak tidak ada masalah yang serius meskipun dalam permasalahan perbatasan, pemerintah Indonesia dan Malaysia masih memiliki perbedaan cara
pandang terhadap tapal batas mereka termasuk perebutan Pulau Sipadan dan Ligitan yang
menjadi permasalahan sejak tahun 1969.Â
Pada tahun 1997 kedua negara sepakat untuk membawa permasalahan dua pulau ini kepada Mahkamah Internasional yang pada akhirnya membawa keputusan untuk menyerahkan kedua pulau ini kepada Malaysia.
