Pengukuran daya dukung terumbu karang, didasarkan pada pemikiran bahwa daerah terumbu karang memiliki kapasitas maksimum, untuk mendukung suatu pertumbuhan biota yang ada di dalarnnya. Sebagai contoh, ikan kerapu macan, akan tumbuh dengan baik jika daya dukung lingkungan masih lebih besar, namun pertumbuhan yang terus menerus, akan mengakibatkan timbulnya kompetisi terhadap ruang dan lahan, sampai pada suatu tahap dimana daya dukung biofisik terumbu karang, tidak lagi mendukung pertumbuhan. Ini disebabkan karena terjadinya persaingan memperoleh makanan, sehingga menyebabkan kondisi pertumbuhan ikan kerapu macan, akan mengalami penurunan dan pada akhirnya terjadi degradasi. Kriteria daya dukung terumbu karang diantaranya : (1) analisis kemampuan dan kesesuaian lahan; analisis ini dilakukan untuk mengetahui ketersediaan luas area terumbu karang serta ketersediaan nutrien, oksigen terlarut dan kondisi fisik dari terumbu karang, (2) daya tampung; kaitannya dengan kemampuan terumbu karang untuk mendukung individu, berdasarkan ukurannya baik panjang maupun berat, dan (3) kemampuan pulih kembali (resiliensi); yaitu kemampuan terumbu karang dalam hal recovery, apabila mengalami kerusakan, contohnya terjadi bleaching atau patah, terumbu karang membutuhkan pemulihan walaupun berlangsung dalam waktu yang relatif lama.
Daya dukung daerah terumbu karang secara ekologi ditentukan oleh (1) kondisi biofisik terumbu karang, dan (2) ketersediaan luasan habitat, yaitu berhubungan dengan luas area terumbu karang untuk menunjang kehidupan biota yang saling berinteraksi, untuk memenuhi kebutuhan hidupnya. Daya dukung suatu ekosistem tidak bersifat statis (a Jixed amount), tetapi bervariasi sesuai dengan kondisi biogeofisik dan ekologis wilayah, juga kebutuhan akan sumberdaya ekosistem dari wilayah tersebut. Misalnya, daya dukung suatu wilayah dapat menurun, akibat kegiatan manusia maupun kekuatan alam (natural forces), seperti bencana alam, tsunami, gempa tektonik dan vulkanik (gunung bawah laut), atau dapat dipertahankan bahkan ditingkatkan melalui pengelolaan secara terencana dengan menerapkan teknologi.
Daya dukung terumbu karang dapat ditentukan secara grafis, dengan menggunakan piramida ekologi. Piramida ekologi dapat dibedakan menjadi 3 yaitu (1) piramida jumlah, yang menggambarkan jumlah individu organisme, (2) piramida biomas, yang didasarkan pada seluruh berat kering, nilai kalori dan ukuran lain dari organisme, (3) piramida energi, yang dilihat adalah laju arus energi dan produktivitas pada tingkat trofik (Odum, 1994). Secara ekologis, nilai daya dukung diperoleh berdasarkan jumlah organisme, dibagi dengan luas area yang dapat menunjang kehidupan suatu organisme dalam kurun waktu tertentu. Apabila penerapannya dilakukan di daerah terumbu karang, maka nilai daya dukung terhadap ikan karang, dapat diperoleh berdasarkan nilai biomasa ikan karang, dikalikan dengan luas area terumbu karang.
Perhitungan daya dukung terumbu karang, dengan pedekatan keberadaan ikan karang, dilakukan dengan tujuan untuk mengetahui seberapa besar kapasitas terumbu karang, memberikan ruang bagi organisme lain, untuk dapat hidup secara baik dan mendukung produktivitas perairan di sekitarnya. Beberapa tahapan yang dapat dilakukan, untuk membuat penilaian daya dukung dalam prespektif ini antara lain:
1. Pengukuran parameter fisik dan kimia oseanografi perairan.
2. Menghitung tutupan terumbu karang; dapat menggunakan metode Line Intercep Transect (LIT), Point Interscep Transect (PIT) atau Underwater Photo Transect (UPC).
3. Menghitung keanekaragam ikan karang; untuk menganalisis keanekaragaman jenis (Genus)Â
4. Menghitung indeks keseragaman atau equitabilitas; indeks ini, merupakan persen penutupan karang yang digunakan untuk membandingkan nilai indeks keanekaragaman yang diamati, dengan nilai indeks yang teramati untuk menduga penentuan dominasi pada bentuk pertumbuhan karang.
5. Menghitung kelimpahan ikan karang; kelimpahan ikan karang yang terdapat pada suatu perairan, dihitung dengan membandingkan jumlah individu ikan karang pada setiap stasiun dengan luas area stasiun yang diamati.
6. Estimasi daya dukung terumbu karang berdasarkan keberadaan ikan karang; analisis mengenai estimasi daya dukung terumbu karang, ditentukan berdasarkan nilai biomasa ikan karang yang diperoleh dari hasil pemantauan (kelimpahan) dengan hasil tangkapan nelayan yang ada di daerah terumbu karang. Estimasi nilai daya dukung dilakukan dengan pendekatan dari nilai biomasa (B) dengan nilai standar kg/0,1 ha, dikalikan dengan luas area terumbu karang.
Hasil yang diperoleh dari serangkaian tahapan analisis ini, menjadi rekomendasi untuk menentukan, seberapa besar potensi ekosistem terumbu karang, menjadi habitat yang baik untuk mendukung produktivitas perikanan, sekaligus memberikan gambaran tingkat kesehatan ekosistem, sehingga dapat dijadikan pembanding pada ekosistem yang sama dengan tingkat kerusakan berbeda. Hal ini penting ditentukan sebagai dasar pengelolaan dan pemanfaatan ekosistem terumbu karang dimasa mendatang.
