Belum optimalnya penegak hukum menerapkan tahanan rumah atau tahanan kota mereka cenderung menerapkan tahanan rutan
Belum optimalnya penerapan pidana alternatif. Kasus tindak pidana ringan, seperti kasus pencurian sandal, kayu, buah, sayuran, dan sebagainya seharusnya tidak perlu dipidana penjara, namun bisa dipidana bersyarat atau pidana alternatif lainnya.
Berlakunya PP 99 Tahun 2012 mengenai pengetatan remisi dan pembinaan luar lapas berdampak. Narapidana yang seharusnya cepat bebas namun harus tetap berada di dalam akibat regulasi tersebut.
KUHAP mengamankan tiap kabupaten atau kota ada rutan dan lapas, namun kenyataannya hal tersebut tidak terealisasi. Jadi, apabila saat ini ada 600 kabupaten atau kota, maka seharusnya ada 1.200 Lapas dan Rutan. Kenyataan saat ini baru ada 489 Lapas dan Rutan yang ada di Indonesia.seharusnya ada 1.200 Lapas dan Rutan. Kenyataan saat ini baru ada 489 Lapas dan Rutan yang ada di Indonesia.
Beberapa faktor penyebab diatas dapat dijabarkan bahwa semua peristiwa yang terjadi di Lapas dan Rutan di seluruh Indonesia tidak seluruhnya kesalahan sistem pemasyarakatan itu sendiri, melainkan adanya instansi-instansi terkait yang kurang berpartisipasi dalam pelaksanaan sistem tersebut . sehingga mengakibabkan permasalahan yang kompleks ini tidak kunjung dapat diselesaikan dengan baik
