Namun tidak seluruh produk dapat lolos dari skema CEPT-AFTA, produk yang tidak lolos dari kualifikasi skema CEPT-AFTA tersebut disebut sebagai produk "general exception", yaitu sebuah produk yang secara permanen tidak dapat dan tidak perlu dimasukkan kedalam CEPT-AFTA.
Hal ini dilakukan karena memiliki beberapa alasan yang dapat dimaklumi, beberapa diantaranya adalah alasan keamanan nasional, kesehatan, atau keselamatan manusia, hewan, dan tumbuhan, dan juga bertujuan untuk melestarikan objek budaya dan arkeologis yang bernilai historis.
Bagi Indonesia sendiri terdapat beberapa produk yang dikategorikan kedalam "general exception", beberapa diantaranya adalah kelompok amunisi dan senjata, minuman beralkohol, dan juga lainnya dengan total sebanyak 68 pos tarif yang ditetapkan sebagai "general exception".
Namun disamping segala tujuan, manfaat dan keuntungannya, program AFTA ini juga memiliki beberapa hambatan yang membuat pelaksanaannya terganggu. Beberapa diantaranya adalah:
- Terdapat kondisi yang tidak stabil dalam negara anggota ASEAN, yang menjadikan negara yang akan melakukan kegiatan ekspor produknya ke negara yang sedang tidak stabil tersebut menjadi enggan untuk melanjutkan kerjasamanya.
- Adanya persaingan bahan-bahan komoditas ekspor dan impor dari negara anggota ASEAN itu sendiri, persaingan yang terjadi ini dapat menyebabkan industri berskala kecil di dalam negeri menjadi gulung tikar, karena tidak mampu untuk bersaing dengan komoditas-komoditas dari luar negeri yang lebih murah dan berkualitas.
- Lalu, terdapat perbedaan tingkat ekonomi pada setiap negara anggota ASEAN, hal ini tentunya akan menimbulkan suatu kendala bagi sesama negara anggota ASEAN dalam melakukan kegiatan kerjasama ekspor dan impor.
- Negara-negara anggota ASEAN melakukan proteksi terhadap produk-produk dalam negerinya, hal tersebut tentu saja menjadikan produk-produk dari negara anggota ASEAN lainnya akan sulit untuk menyesuaikan dan menentukan harga pasar yang ada di negara yang melakukan proteksi produk dalam negeri tersebut.
