Shazam! Fury of the Gods meneruskan cerita Billy Batson remaja, yang setelah mengucapkan mantra “SHAZAM!” berubah menjadi Superhero dewasa, Shazam.
Film Shazam dimulai dengan latar Museum Acropolis di Athena, Yunani. Dua dewi, Hespera (Helen Mirren) dan Kalypso (Lucy Liu), yang juga dikenal sebagai putri dari Atlas, masuk dan mendatangi tongkat Penyihir Shazam (Djimon Hounsou) yang rusak.
Mereka memecahkan kotak yang menyimpan potongan tongkat sihir tersebut, dan masing-masing mengambil setengahnya, yang memberi mereka kekuatan sihir.
Kalypso menggunakan kekuatan manipulasi pikirannya, untuk membuat semua penjaga museum menyerang satu sama lain, dan Hespera menggunakan kekuatannya yang mengubah semua orang menjadi batu.
Billy Batson (Ashen Angel) pergi ke kantor dokternya (PJ Byrne) dalam wujud Shazam (Zachary Levi).
Billy merasa tidak hidup dengan potensi superhero secara maksimal dan keluarganya mulai menjauh.
Dia dan keluarga Shazamnya juga tidak terlihat istimewa di mata warga kota mereka, dan mereka dijuluki ‘Philadelphia Fiascos’.
Billy pulang ke rumah dan bermain game dengan Eugene (Ian Chen), sementara Pedro (Jovan Armand) tertarik pada baseball.
Mary (Grace Caroline Currey) kerja untuk membayar sewa, dan Darla (Faithe Herman) tetap menjadi dirinya yang ceria dan optimis.
Freddy (Jack Dylan Grazer) cenderung pergi sendiri dengan wujud superhero-nya (Adam Brody), dan menjuluki dirinya ‘Captain Everypower’.
Billy dan Freddy mendengar berita kekacauan di kota, sementara Freddy hanya ingin mereka berdua yang mengatasi masalah itu, Billy malah memanggil semua saudaranya untuk bergabung bersama mereka.
Saudara Billy datang dalam wujud superhero Darla (Meagan Good), Pedro (DJ Cotrona), dan Eugene (Ross Butler).
Mereka juga menyembunyikan identitas superheronya dari Victor (Cooper Andrew) dan Rosa (Marta Milans).
Jembatan Benjamin Franklin mulai jatuh, orang-orang meninggalkan mobil mereka dengan panik, lalu keluarga Shazam datang dan mengevakuasi penduduk ke tempat yang aman.
Mereka berhasil menyelamatkan semua orang, tetapi gagal menghentikan jatuhnya jembatan. Orang-orang tetap memanggil mereka ‘Phily Fiascos’.
Shazam mengumpulkan saudara-saudaranya di tempat persembunyian Rock of Eternity mereka, tetapi mereka masing-masing ingin keluar.
Mary bertahan dan bicara pada Shazam tentang bagaimana dia harus menerima bahwa banyak hal berubah dalam keluarga mereka dan mungkin sudah saatnya dia beradaptasi juga.
Di alam dewa, Penyihir ditahan di penjara dan tampak sekarat setelah mentransfer kekuatannya ke Billy. Dia bertemu dengan Hespera dan Kalypso, yang memaksanya untuk memperbaiki tongkat sihir.
Tongkat sihir tersebut adalah satu-satunya hal yang mencegah Putri Atlas memasuki dunia manusia, dan setelah benda itu dihancurkan, mereka datang untuk membalas dendam, karena mereka menganggap sang penyihir sebagai pengkhianat, karena bekerja menentang Atlas.
Di sekolah, Freddy berjumpa dengan anak baru, Anne (Rachel Zegler). Dia segera jatuh cinta padanya, dan Anne tampak tertarik padanya, tetapi momen itu dirusak oleh 2 saudara pem-bully, Brett dan Burke Breyer (Carson MacCormac dan Evan Marsh).
Mengabaikan mereka, Anne membiarkan Freddy mengantarnya ke kelas, dan Freddy menyadari dia naksir kepada Anne.
Billy bermimpi, dia dalam wujud Shazam, berkencan dengan Wonder Woman, lalu sang penyihir muncul.
Sang Penyihir memperingatkan Billy tentang kedua putri Atlas, dan apa yang mereka rencanakan, tetapi dia melemah sebelum dia bisa memberi tahu Billy cara menghentikan mereka. Billy kemudian memperingatkan saudara-saudaranya tentang ancaman tersebut.
Di Batu Keabadian, semua saudara Billy (minus Freddy) mengetahui bahwa Putri Atlas menjaga Pohon Kehidupan, yang menghasilkan apel emas yang berisi Benih Kehidupan, dan mereka juga mempunyai naga mitos.
Pedro menunjukkan kepada mereka ruang rahasia yang penuh dengan arsip dan buku tentang berbagai artefak sihir, bersama dengan pena bulu bernama Steve, yang mengarahkan mereka untuk menemukan buku yang berada di tangan Putri Atlas.
Mereka menyadari bahwa penghalang antar dunia rusak, karena Billy mematahkan tongkat sihir saat melawan Dr. Sivana.
Para saudara kandung itu akhirnya tahu bahwa Hespera dan Kalypso, mempunyai saudara perempuan ketiga, yaitu Anthea, atau Anne. Billy sadar Freddy dalam bahaya.
Freddy bertemu dengan Anthea di atap sekolah, di mana dia ingin menunjukkan dirinya sebagai pahlawan super. Saat dia berubah, Hespera dan Kalypso muncul, dan Kalypso menggunakan staf untuk melemahkan Freddy.
Gurunya (Diedrich Bader) datang untuk menyelamatkan Freddy, tetapi Kalypso menggunakan kekuatannya untuk membuat gurunya meloncati dari atap sekolah.
Sebelum mereka bisa menyakiti Freddy, Anthea menggunakan kekuatannya untuk memanipulasi lingkungan.
Shazam bersaudara kemudian datang dan akan bertarung dengan ketiga Putri Atlas, tetapi Freddy memperingatkan mereka tentang kekuatan Kalypso yang bisa membuat mereka kehilangan kekuatan.
Ketiga putri Atlas menyandera Freddy, terbang tinggi ke langit, lalu Hespera membentuk kubah raksasa di sekitar kota, menjebak semua orang di dalamnya. Shazam hanya bisa menonton saat Freddy dibawa pergi.
Freddy dipenjara bersama sang Penyihir. Sang penyihir kemudian mengetahui hubungan keluarga antara Freddy dengan Billy. Penyihir menganggap memilih Billy sebagai Juara adalah kesalahannya.
Saat Freddy memikirkan rencana pelarian, Penyihir memberi tahunya, apapun yang Freddy pikirkan, tidak akan berguna melawan Putri Atlas.
Keluarga Shazam kemudian menggunakan Steve, si pena untuk menulis surat kepada Putri Atlas dan mencoba berunding dengan mereka untuk membebaskan Freddy.
Kalypso menyiksa Freddy dengan kekuatannya, dan menjebak Freddy dan sang penyihir di lubang naga mereka, Ladon.
Kekuatan Ladon menyebabkan Freddy dan sang penyihir tidak bisa lari, tapi Anthea menggunakan kekuatannya untuk membebaskan mereka.
Billy (sebagai Shazam) mengatur pertemuan dengan Hespera untuk mencoba mendapatkan Freddy kembali dan menyingkirkan kubahnya. Hespera datang dan mengungkapkan kemarahannya kepada para remaja itu, mereka tidak cukup layak untuk mendapatkan kekuatan para dewa.
Ketika saudara lainnya muncul, Kalypso menjatuhkan mereka dan menggunakan staf untuk melemahkan Pedro.
Shazam melawan Hespera di bawah tanah, yang akan membungkus Mary dan Darla dengan kabel. Hespera menggunakan bola besar untuk menyerang Shazam, tetapi dia menggunakan kecepatan supernya untuk menempatkan Hespera di jalur serangannya sendiri.
Setelah menjatuhkan Hespera, Shazam dan saudaranya membawa Hespera ke Rock of Eternity. Keluarga Shazam memenjarakan Hespera dan membahas rencana selanjutnya, tetapi tidak lama kemudian, Darla mengetahui bahwa Hespera telah melarikan diri.
Mereka menyadari bahwa Hespera memang sengaja ingin ditangkap. Hespera mengambil apel emas yang terbungkus debu, yang selama ini dianggap Billy hanya pemberat kertas.
Hespera membawa apel itu ke Kalypso dan Anthea. Sementara itu, Freddy dan sang penyihir berusaha untuk mendapatkan apel itu,i karena Kalypso berencana menanam Benih Kehidupan di Bumi dan melepaskan pasukan monster mereka.
Freddy hampir berhasil lolos dengan apel, tetapi ia menarik perhatian ketiga wanita itu. Shazam berhasil masuk dan mengambil tongkat sihir, tapi Kalypso mengambilnya kembali. Penyihir mengembalikan kekuatan Freddy saat mereka melarikan diri.
Kalypso mencoba menggunakan tongkat untuk melawan mereka, walau Hespera melarangnya, tetapi Kalypso berpikir Hespera melunak. Dia kemudian memanggil Ladon, sang naga untuk bangkit dan mengejar Shazam.
Keluarga Shazam menemui Victor dan Rosa untuk menyelamatkan mereka, tetapi mereka harus berterus terang atas identitas pahlawan super mereka.
Pedro juga menggunakan kesempatan ini, untuk mengakui dirinya adalah gay kepada keluarganya, tetapi mereka semua sudah tahu dan mendukungnya.
Ladon kemudian muncul dan mulai mengobrak-abrik rumah, memaksa semua orang untuk lari ke dalam van dan pergi ke kota.
Kalypso mengejar mereka dengan mengendarai Ladon, dan dia melemahkan semua orang kecuali Billy sebelum mengambil apelnya.
Kalypso membawa apel ke Lapangan Lincoln dan menaruhnya di tanah, apel itu menumbuhkan Pohon Kehidupan dan melahirkan monster mengerikan yang mulai menyerang dan membunuh warga sipil.
Penyihir memberitahu Shazam bahwa ada satu kekuatan yang dapat melawan monster, dan itu adalah unicorn. Namun, dia memberitahu mereka, bahwa kuda poni ini tidak seperti dalam cerita, unicorn disini adalah makhluk kejam yang membenci manusia.
Setelah mempelajari apa yang bisa menenangkan unicorn, mereka mengetahui bahwa salah satunya adalah ambrosia, dan Darla punya ide.
Mereka menemukan unicorn, dan memberi mereka makan Skittles, yang disukai unicorn dan meminta sesama unicorn datang, untuk membiarkan keluarga Shazam menunggangi mereka dan menyerbu ke kota untuk melawan monster.
Anthea mencoba menghubungi Hespera karena Pohon Kehidupan tidak seharusnya tersentuh tanah Bumi. Ketika Hespera datang dan akan melawan Kalypso.
Kalypso menggunakan Ladon untuk menusuk Hespera, dan kemudian menggunakan tongkat sihir untuk melumpuhkan Anthea.
Anthea mengejar Kalypso setelah bertemu dengan keluarga Shazam, dan Freddy mengejarnya, Anthea lalu mencium Freddy dan mengatakan dia harus tetap tinggal agar tidak terluka.
Billy sadar semua tergantung padanya dan dia sendiri yang dapat menyelamatkan dunia. Billy berbicara singkat dengan Rosa dalam wujud remaja normalnya, karena dia pikir dia akan dikeluarkan dari rumah karena sudah tua menurut sistem asuh, tetapi Rosa mengatakan kepadanya bahwa dia akan selalu menjadi bagian keluarga mereka.
Shazam menemukan Kalypso dan Ladon saat mereka hampir membunuh Freddy dan Anthea, dan dia berhasil merebut tongkat darinya sehingga Kalypso beralih mengejarnya.
Dia menemukan tubuh Hespera dan berhasil menghidupkannya kembali sehingga dia dapat membantu menghentikan Kalypso dengan menjebaknya di dalam kubah.
Shazam memancing Kalypso ke lapangan, dan Hespera berhasil mengecilkan kubah seukuran stadion, membuat Kalypso marah.
Keluarga Billy menyaksikan dari luar kubah saat Shazam berhadapan dengan Kalypso dan naganya.
Shazam menggunakan tongkat untuk memperkuat dirinya sendiri dan memukul wajah Ladon.
Shazam kemudian mengisi kekuatannya dengan tongkat sihir, dan memanggil sambaran petir yang menghancurkan kubah dan melenyapkan Kalypso dan Ladon menjadi abu.
Hespera diam-diam mengakui Billy sebagai pahlawan dan dewa, sebelum dia juga mati untuk selamanya.
Keluarga Shazam berlari ke lapangan untuk menemukan Billy, dan Freddy menemukan tubuhnya yang tak bernyawa di sisa-sisa pohon. Berbagai upaya mereka lakukan untuk membangunkannya, tetapi Billy benar-benar sudah mati.
Sang Penyihir membawa keluarga Shazam dan Anthea, ke alam para dewa untuk memberikan penguburan yang layak kepada Billy.
Penyihir mengatakan bahwa dengan meninggalnya semua saudara Anthea dan ia kehilangan kekuatannya, tidak ada lagi dewa tersisa yang dapat menghidupkan kembali Billy, sampai sebuah terdengar. Keluarga Shazam berbalik dan menemukan Wonder Woman disana.
Sebelumnya, dia telah menerima pesan dari Billy, Wonder Woman kemudian menggunakan kekuatan dewinya untuk mengisi kekuatan tongkat sihir di atas kuburan Billy, dan menghidupkannya kembali. Dan ternyata kekuatan Anthea dan keluarga Shazam juga kembali.
Shazam kemudian bangkit dari kuburnya dan memeluk keluarganya. Dia kemudian mencoba untuk mencoba peruntungannya dengan Wonder Woman, tetapi dewi itu mengatakan kepadanya untuk tetap menyelamatkan dunia.
Keluarga Shazam kembali ke rumah setelah memperbaikinya, dan mereka juga membawa Anthea, karena dia dan Freddy sekarang menjadi pasangan resmi.
Mereka dikunjungi oleh penyihir, yang kini memilih untuk menjalani kehidupan di Bumi sebagai warga sipil daripada menyia-nyiakannya di alam lain.
Penyihir berterima kasih kepada keluarga Shazam karena telah membantunya, dan mereka juga memandangnya sebagai teman. Billy kemudian bertanya kepada The Wizard apa nama pahlawan supernya sendiri, dan dia mengatakan kepadanya bahwa itu selalu Shazam.
