Pemberontakan Muslim pertama Yunnan secara terorganisir dipemimpin oleh etnis Hui, Â kemudian dikenal dengan pemberontakan Panthay. Pemberontakan terjadi pada masa Perang Candu kedua, tepatnya pada tahun 1850 hingga 1873 Â sebagai konflik etnis Hui-Han serta pemeritah Qing dikarenakan dampak ekonomi dari adanya perang Candu dan salah satu bagian dari pemberontakan anti-Qing yang dilakukan oleh seluruh kalangan masyarakat Cina.
Mengapa disebut Pemberontakan Panthay ?
Mulanya istilah panthay tidak dikenal oleh sebagian muslim Yunnan. Istilah tersebut dipopulerkan oleh Negara Barat dalam menyebut muslim Cina. Pada pertengahan ada ke-19 orang inggris saat pertama kali bertemu dengan muslim Yunnan di Burma sehingga dimungkinkan adanya kesalahan penyebutan.
Mengacu pada tulisan Moshe Yegar dalam artikel yang dimuat oleh Jstor dengan judul "The Panthay (Chinese Muslims) of Burma and Yunnan" ditulis bahwa kata "Panthay" sendiri berasal dari Bahasa Burma dalam menyebut seorang muslim yang berasal dari kata "Pathi" atau "Puthee", hal yang sama disampaikan pula oleh David G. Atwill dalam tulisannya "Blinkered Visions : Islamic Identity, Hui Ethhnicity, and the Panthay Rebellion in Southwest Cina, 1856- 1873".
Sedangkan Muslim di Cina (Panthay) menyebut diri mereka dengan sebutan "Hui-hui" atau "Hui-Tzu" istilah sederhana untuk menyebut muslim. Sama dengan pemberontakan lainnya yang terjadi di Cina, beberapa penamaan peristiwa dapat digunakan berdasarkan nama tempat terjadinya peristiwa tersebut,etnis atau kelompok. Seperti pemberontakan Boxer karena dilakukan oleh kelompok yang memiliki keahlian dalam bidang bela diri atau Boxer (Dalam penyebutan Barat).
Begitupun dengan  pemberontakan Panthay, istilah ini muncul karena pemberontakan dilakukan oleh kelompok muslim yang disebut juga dengan  Panthay. Karena kebanyakan dari kita yang mengikuti istilah Barat dalam penyebutan suatu peristiwa. Dapat juga dikatakan bahwa peristiwa ini disebut sebagai Pemberontakan Hui.
Kondisi ekonomi yang mengalami masa krisis sebagai dampak Perang Candu memberi masalah yang serius terhadap kondisi sosial masyarakat, sehingga timbul perselisihan yang menlatarbelakangi terjadinya pemberontakan , krisis yang terjadi berupa bencana alam dan kelaparan pada tahun 1840-1850an akibat para petani yang dipaksa meninggalkan tanahnya.
Selain itu karena adanya penggelapan dana bantuan kepada rakyat oleh pejabat negara, serta ganti rugi terhadap bangsa-bangsa Barat yang terdapat dalam perjanjian  dibebankan kepada rakyat. Akibatnya rakyat bertambah sensara.
Terdapat perbedaan pendapat yang dikemukakan oleh para peneliti mengenai Latar Belakang terjadinya pemberontakan, dimana Menurut Pamela Fox dalam thesisnya yang berjudul "Causes of Han-Hui Conflics in the 1800's in Yongchang, Western Yunnan" dikatakan bahwa pemberontakan ini merupakan salah satu bagian anti-Qing sebagai perjuangan dari hampir seluruh kalangan masyarakat Cina akibat kekalahannya dalam perang Candu.
Serta serangan yang meluas terhadap etnis Hui memicu terjadinya Pemberontakan Panthay. Pendapat lain mengatakan bahwa pemberontakan Panthay juga merupakan sebuah prinsip jihad (Holy war) seperti yang dikatakan oleh Raphael Israeli dan Kim Hodong, walaupun begitu pemimpin pemberontakan yaitu Du Wenxiu dan tokoh pemberontakan lainnya tidak menyebut bahwa itu adalah perang jihad.
Peristiwa pemberontakan secara kronologis dimulai dari kedatangan Islam di Cina hingga kehidupan yang ada di wilayah Yunnan sebagai lokasi pemberontakan hingga  konflik antara etnis Hui-Han dibantu campur tangan Pemerintah Qing. Berdasarkan artikel yang ditulis Moshe Yegar.Â
