Pengelolaan wilayah pesisir DIY secara umum masih banyak menghadapi kendala, antara lain kurangnya kesadaran masyarakat akan kelestarian lingkungan, kurangnya pengetahuan tentang pengelolaan yang berbasis kelestarian, adanya pengelolaan yang masih menguntungkan pihak tertentu, dan kurangnya keterlibatan masyarakat dalam pengelolaan wilayah pesisir.Â
Oleh karena itu pengembangan kawasan pesisir harus mengikuti pola keberlanjutan dan keterpaduan untuk melindungi ekosistem pesisir beserta segenap sumberdaya alam yang terdapat di dalamnya.
Berikut merupakan hasil penelitian potensi dari Ekosistem pesisir DIY berdasarkan dari karakteristik spasial yang meliputi 3 kabupaten, yaitu Kabupaten Kulonprogo, Bantul, dan Gunungkidul. Pemilihan lokasi didasarkan pertimbangan bahwa di wilayah pesisir DIY memiliki profil wilayah pesisir kabupaten yang berbeda-beda berdasarkan karakteristik spasialnya.
A. Potensi Ekosistem Pesisir Kabupaten Kulonprogo Berdasarkan Karakteristik Spasial
Wilayah pesisir Kabupaten Kulonprogo diantaranya ialah Pantai Congot dan Pantai Glagah. Berikut tabel potensi ekosistem pesisir di Kabupaten Kulonprogo berdasarkan karakteristik sosialnya.

B. Potensi Ekosistem Pesisir Kabupaten Bantul Berdasarkan Karakteristik Spasial.
Kabupaten Bantul terletak di sisi paling selatan dari DIY, berbatasan langsung dengan Samudera Indonesia. Pantai yang terkenal di wilayah Kabupaten Bantul antara lain Pantai Parangtritis dan Parangkusuma. Berikut tabel potensi ekosistem pesisir Kabupaten Bantul.

C. Potensi Ekosistem Pesisir Kabupaten Gunungkidul Berdasarkan Karakteristik Spasial.
Pantai karst di wilayah Kabupaten Gunungkidul dari barat ke timur memiliki karakteristik lingkungan pantai yang berbeda-beda. Potensi ekosistem pesisir Kabupaten Gunungkidul.