Pada Desember 1999, akibat cedera, Doohan resmi mengumumkan mundur dari dunia balap motor internasional. Dalam keterangan yang didapatkan dari Harian Kompas, edisi 11 Desember 1999, Doohan mengatakan, ia sudah menjalani tiga kali operasi agar bisa pulih dari cedera yang dialami. Namun Tuhan berkehendak lain. Cedera tersebut memaksa ia untuk berhenti menjadi pembalap motor internasional.
"Saya sudah berharap untuk bisa meneruskan berlomba, tetapi sayangnya itu tidak mungkin," ujar Doohan.
Meskipun pensiun dini menjadi pembalap, ia mengatakan akan tetap dekat dengan timnya, Honda Racing Corporation.
Pernyataan tersebut dibuktikan Michael Doohan. Ia tetap berkontribusi dalam dunia balap internasional dengan menjadi manager sekaligus pelatih Valentino Rossi di kelas 500 cc.
